Основанный в 1921 году клуб добился наибольших успехов в конце 20-х и начале 30-х годов XX века. В 1928 году после победы и в региональном, и в национальном отборочных турнирах, команда вышла в высшую лигу Польши. В следующем сезоне, приняв участие в чемпионской гонке, «Гарбарния» в итоге финишировала второй. В те годы краковский клуб считался одним из сильнейших в Польше.
Команда в 1929 году
В 1931 году «Гарбарния» выиграла чемпионат. Доля доморощенных футболистов была невелика — основу составляли приглашённые игроки. В частности, в Кракове выступали сборники Отто Райснер и Карол Пазурек (оба — уроженцы Катовице).
В 1937 году клуб покинул элиту польского футбола, а уже в 39-м вернулся, но тот сезон был прерван начавшейся Второй мировой войной.
После войны «Гарбарнии» не удалось восстановить прежние позиции. Краковцы долгое время играли во Второй лиге, периодически выигрывая путёвку в Первую, однако не задерживались в ней более, чем на два года. Сезон 1957 года стал последним для команды в Первой лиге. В 1971 году «Гарбарния» вылетела в Третью лигу. В сезоне 2017/2018 клуб, выиграв серию плей-офф, вернулся в Первую лигу Польши спустя более 40-ка лет.
