Первые сведения о деревне Вырубово относятся к концу XVI века: тогда это была ещё деревня Марково, принадлежавшая Ивану Леонтьевичу Вырубову[2]. В 1627 году в писцовой книге отмечается, что Марковом владели его сыновья Тимофей и Иван Ивановичи Вырубовы.
По данным 1852 года деревня «Марково, Вырубово тож» находилась в ведомстве государственных имуществ, и в ней проживало 38 мужчин и 28 женщин[2].
По переписи 1926 года в деревне Вырубово было 230 человек населения, находился сельсовет[2].
6 декабря 1907 года в деревне родился Александр Васильевич Прохоров — участник советско-финской войны (1939—1940), комиссар батальона, Герой Советского Союза.