С ноября 2010 по январь2011 года лечился от онкологической болезни лёгких в клинике университета Гази (Анкара). Вернувшись на родину, продолжил лечение в амбулаторных условиях. Несмотря на тяжёлую болезнь, перед отъездом в Турцию в сентябре 2010 поставил спектакль на основе мейханы«Ребёнок и мы». Вернувшись, в феврале 2011 г. приступил к работе над спектаклем «Визирь Лянкяранского ханства» (по М. Ф. Ахундову). Последней ролью Вагифа Ибрагимоглу стал образ полицейского в фильме режиссёра Ильгара Сафата «Участок», который был номинирован на «Оскар» в 2010 году. Его отрицательный персонаж получился очень цельным и колоритным.
Скончался 12 мая 2011 года в Баку. Похоронен в родном посёлке Мардакян.
Цитаты
Из природного оптимизма предпочитаю думать не о находящейся передо мной пропасти, а о том, как проложить над ней мост. Может быть, эта позиция связано с моей профессиональной деятельностью, как однажды сказал Аристотель: «Жизнь коротка, искусство вечно». Один сумасшедший бросил в колодец камень, десять умных не смогли достать этот камень оттуда. Когда-то я захотел стать сумасшедшим, очень старался, пытался, трудился — но без толку, ничего не вышло. Я завидую всем тем, у кого это получилось, но и однако же, видимо, вынужден быть умным.
Мы потеряли не только режиссёра, но и мыслящего человека, интеллигента, собеседника, который понимал тебя в любое время…Точнее, Вагиф, был и ушёл из жизни, как Вагиф…
Весть о том, что после продолжительной тяжелой болезни скончался руководитель Азербайджанского государственного театра «Йуг», талантливый самобытный режиссёр, заслуженный деятель искусств Азербайджана Вагиф Ибрагимоглу, отозвалась жесткой болью в сердцах тех, кто знал его лично, работал с ним, учился у него, смотрел его талантливые постановки. Азербайджанское искусство понесло тяжелую невосполнимую утрату, потому что Вагиф Ибрагимоглу одна из тех личностей, которую заменить нельзя.