В 1969 году защитила кандидатскую диссертацию «Родословные книги XVI—XVII веков как исторический источник». В 1998 году защитила докторскую диссертацию в форме научного доклада на тему: «Русское государство и Великое княжество Литовское с конца XV в. до 1569 г.: Опыт сравнительно-исторического изучения политического строя».
Бычкова М. Е. Родословные книги XVI - XVII вв. как исторический источник: Автореф. дис. … канд. ист. наук. — М., 1968. — 25 с.
Бычкова М. Е. Родословные книги XVI—XVII вв. как исторический источник / Отв. ред. д.и.н. А. А. Зимин; Институт истории СССР АН СССР; Худож. Т. К. Салигулин. — М.: Наука, 1975. — 216 с. — 3900 экз.
Бычкова М. Е. Московские самодержцы: История возведения на престол. Обряды и регалии. — М., 1995. — 72 с.
Бычкова М. Е. Русское государство и Великое княжество Литовское с конца XV в. до 1569 г.: Опыт сравнительно-исторического изучения политического строя. — М.: Изд. центр ИРИ РАН, 1996. — 176 с. — 500 экз. — ISBN 5-201-00638-8.
Бычкова М. Е. Легенды московских бояр / Совет по охране культурного и природного наследия при Президиуме РАН. — М., 1997. — 112 с. — (Природное и культурное наследие Москвы).
Бычкова М. Е. и др. Предки А. С. Пушкина: Поколенная роспись / М. Е. Бычкова, М. Смирнов, О. И. Хоруженко, М. Ю. Катин-Ярцев; Государственный Исторический музей. — М.: ГИМ, 1999. — 96 с. — 2000 экз.
Бычкова М. Е. Русско-литовская знать XV—XVII вв.: Источниковедение. Генеалогия. Геральдика / Сост.: О. И. Хоруженко, Р. Б. Казаков. — М.: Квадрига, 2012. — 368 с. — (Исторические исследования). — 400 экз. — ISBN 978-5-91791-080-2.
Институт российской истории РАН сегодня. — М., 2011. — С. 111.
Хоруженко О. И. Маргарита Евгеньевна Бычкова (8 ноября 1936 — 5 июля 2014) // Вестник РГГУ. Серия «История. Филология. Культурология. Востоковедение». — 2015. — Вып. 9 (152). — С. 148—150.