Он поступил в Гарвардский колледж в 1806 году, получив степень бакалавра в 1810 году[1]. Через год в возрасте 19 лет Бутт отправился в Англию[1]. По возвращении в Бостон в 1814 году Фрэнсис Бутт начал собирать растения Новой Англии[1]. В 1816 году он был частью группы, которая провела ботанические исследования гор Новой Англии[1].
В 1820 году Бутт вернулся в Англию и занялся изучением медицины, сначала в Лондоне под руководством доктора Армстронга, а затем в Эдинбурге, где он получил степень доктора медицины в 1824 году[1]. Он занимался медицинской практикой в Лондоне в течение ряда лет, а также читал лекции по ботанике и проводил свои собственные научные исследования[1].
В 1833—1834 годах была опубликована его работа Memoir of the Life and Medical Opinions of John Armstrong, M.D.[1] В 1858—1862 годах были опубликованы три тома его работы Illustrations of the Genus Carex. Четвёртый том этой работы был опубликован его семьёй после его смерти[1].
