Иоганн умер в 1571 году, не оставив наследников по мужской линии, и Бранденбург-Кюстрин вновь вошёл в состав курфюршества при внуке Иоахима I курфюрсте Иоганне Георге.
Единственный правитель Бранденбург-Кюстрина — Иоганн Мудрый, известный также как Ганс Кюстринский.