Корневище в виде двух продолговатых клубней. Стебель высотой до 1 м, крепкий, прямой, ветвистый, голый или в сцв. слабо опушенный, иногда стебель короткий, до 40 см.
Листья серо-зелёные, длиной до 10 см, шириной до 12 см, до основания рассечены на пять широко-ланцетовидных, к основанию суживающихся сегментов, каждая доля распадается на две—три ланцетные дольки шириной 4—5 мм, с туповато-заострёнными зубцами, ширина средней доли в нерасчлененной части 5—7 мм. Наиболее густо облиствена средняя часть стебля.
Соцветие — конечная длинная кисть. Цветки крупные, синие, длиной до 3 см, шириной около 1,3 см, превышающих цветоножку, с дугообразно загнутым носиком; шлем высотой до 1 см, длиной около 2 см, шириной на уровне носика около 1.5 см, отодвинут от боковых листочков околоцветника, совершенно голый; боковые листочки околоцветника округло-треугольные, длиной и шириной до 1,5 см, снаружи совершенно голые, с внутренней стороны с редкими длинными волосками; нижние доли неравные, длиной до 1—1,2 см, шириной до 0,3 и 0,5 см. Нектарники с изогнутым ноготком, небольшим, диаметром в 1 мм, головчатым шпорцем и вздутой пластинкой, шириной 2—2,5 мм, заканчивающейся небольшой выемчатой губой.
Значение и применение
Интересные результаты получены в экспериментах при изучении действия данного растения. Выявлены две его важные особенности: сильный обезболивающий и слабый цитостатический эффект. Спиртовая настойка травы борца байкальского в эксперименте оказывала умеренный, непосредственно тормозящий эффект на рост перевиваемых опухолей.
