Бойер начал свою футбольную карьеру ещё школьником, выступая за «Чарльтон»[5], став профессиональным футболистом в апреле 1994 года[6]. Впервые он привлёк к себе внимание в 1995, когда он и его партнёр по клубу Дин Чендлер были уличены в употреблении марихуаны. Бойер был отстранён на 8 недель и направлен на реабилитационные курсы, организованные Футбольной ассоциацией Англии. Также он был отчислен из состава национальной сборной Англии до 18 лет[7]. В итоге Бойер стал игроком основного состава, выйдя в футболке «Чарльтона» 58 раз и забив 14 мячей[6].
«Лидс Юнайтед»
В 1996 состоялся его трансфер в «Лидс» за 2,8 миллиона фунтов, а Ли Бойер стал самым дорогим тинэйджером того времени[8]. В этом же году Бойер был вовлечён в драку в лондонском McDonald’s и оштрафован на 4,5 тысячи фунтов[9]. Вначале Бойер не попадал в стартовый состав «Лидса», оставаясь за спинами Альфа-Инге Хаалана и Дэвида Хопкина. В конечном счёте, в сезоне 1998/99 Бойер выиграл конкуренцию за место в составе у Хопкина; с того времени он являлся игроком стартового состава. Он был ключевым игроком в команде Дэвида О’Лири, квалифицировавшись с клубом в Лигу чемпионов в сезоне 1999/00 и достигнув полуфинала Кубка УЕФА в 2000 и Лиги чемпионов в 2001, забив при этом важнейшие мячи в ворота «Милана», «Барселоны» и «Андерлехта». Бойер был признан болельщиками Лидса игроком сезона в 1999 и 2001 году[10].
В связи с инцидентом возле одного из ночных клубов Лидса Бойеру и его товарищу по команде Джонатану Вудгейту были предъявлены обвинения в драке и намеренном нанесении тяжких телесных повреждений[11]. В ходе судебных разбирательств с Бойера были сняты все судебные обвинения, а Вудгейт был признан виновным и приговорён к общественным работам[12]. Считается, что именно в этот период карьеры Бойер вышел на пик своей формы[13][14]. Однако, клуб решил наложить на него штраф за нарушение норм поведения в размере 4-недельной заработной платы. Несмотря на то что «Лидс» поддерживал Бойера в ходе судебного разбирательства и оплачивал его обширные юридические услуги, он возражал против наложения внутриклубного штрафа, в результате чего и был выставлен на трансфер[15]. Позднее вопрос был решён, и Ли сняли с трансфера[16], однако летом, отвергнув новый пятилетний контракт, Бойер снова оказался выставленным на продажу. «Лидс» сошёлся в цене с «Ливерпулем», однако трансфер не состоялся, так как тогдашний тренер «красных» Жерар Улье посчитал, что Бойер не горит желанием выступать за них[17]. Поэтому в январе 2003 года Ли Бойер подписал контракт с «Вест Хэмом»[18]. Всего за «Лидс» Бойер провёл 265 игр и забил 55 голов[6].
«Вест Хэм»
Перейдя в «Вест Хэм», клуб, за который он болел с детства, за номинальную стоимость, Ли Бойер подписал контракт на 6 месяцев, что означало, что в случае вылета «Вест Хэма» из Премьер-лиги в сезоне 2002/03, клуб не будет обременён большими премьерлиговскими зарплатами[19]. В итоге, Бойер получил повреждение лодыжки и провёл лишь 11 матчей за «Вест Хэм», который не смог избежать вылета. Новый контракт Бойеру не был предложен[20].
«Ньюкасл»
После вылета «Вест Хэма» в сезоне 2002/03, Бойер присоединился к «Ньюкаслу» в качестве свободного агента в июле 2003 года[21]. В апреле 2005 Бойер снова привлёк к себе внимание СМИ дракой на футбольном поле со своим одноклубником Кироном Дайером в матче против «Астон Виллы». В результате, оба получили красные карточки и трёхматчевую дисквалификацию. Футбольная ассоциация Англии оштрафовала Бойера на 30 000 фунтов, а также наложила дополнительную трёхматчевую дисквалификацию. Клуб также наложил на Ли штраф в размере шестинедельного оклада. Дайер не был оштрафован, так как зачинщиком был признан Бойер[22][23]. За время карьеры в «Ньюкасле» Бойер выступал в качестве обвиняемого и признавался виновным ещё на нескольких судебных процессах[24]. Проведя в общей сложности 98 матчей и забив 11 голов, Ли Бойер покинул «Ньюкасл» по окончании сезона 2005/06[6].
«Вест Хэм»
Бойер вернулся в «Вест Хэм» в июне 2006 года[25], проведя в сезоне 2006/07 22 матча[6], получив при этом травму плеча в выездной игре против «Рединга», завершившейся для «молотобойцев» разгромными 0:6[26]. Тем не менее, Бойер быстро оправился от травмы и помог своей команде в пяти решающих матчах сезона[27]. Начиная с сезона 2007/08 Бойер завоевал себе место в основном составе «Вест Хэма», а также забил свои первые голы, отличившись в матчах против «Уигана» и «Мидлсбро», а также сделав дубль в игре против «Дерби Каунти»[28]. Сезон был испорчен травмами, и Бойеру удалось выйти на поле лишь в 20 поединках.
«Бирмингем»
В январе 2009 года Бойер подписал арендное соглашение до конца сезона с «Бирмингемом», выступавшим на тот момент в Чемпионате Футбольной лиги[29]. Дебют Бойера пришёлся на матч против «Кардиффа», его гол позволил сравнять счёт в игре, которая завершилась вничью 1:1[30]. По истечении контракта с «Вест Хэмом» в июле 2009 года, Ли Бойер подписал двухгодичный контракт с «Бирмингемом»[31]. Вернувшись вместе с клубом в Премьер-лигу, Бойер сыграл важную роль в успехах команды, которая провела серию из 12 матчей без поражений в элитном дивизионе Англии, что стало клубным рекордом[32][33]. Также «Бирмингему» удалось занять рекордное девятое место, что стало лучшим результатом за последние 50 лет. При этом Ли оставался лидером полузащиты, образовав мощную связку в середине поля с другим новобранцем клуба Барри Фергюсоном. Также он забил победные мячи во встречах против «Фулхэма» и «Вулверхэмптона»[34][35]. В сентябре, в начале сезона 2010/11, Бойер был вынужден извиняться за оскорбление болельщика «Вест Бромвича», произнесённое после грубого отбора у Габриэля Тамаша и последовавшей за этим замены полузащитника «Бирмингема». После этого инцидента Бойер на некоторое время потерял место в стартовом составе, но после травмы Крейга Гарднера, снова вернул себе место в основе. В ноябре 2010 забил единственный гол в матче против действующего чемпиона, «Челси», принеся «Бирмингему» неожиданную победу[36]. Также был засчитан его спорный мяч в игре против «Манчестер Юнайтед», позволивший «Бирмингему» уйти от поражения[37]. В январе 2011 года Бойер снова привлёк к себе внимание, намеренно наступив на колено, а затем ударив по ахиллу защитника «Арсенала» Бакари Санья[38][39][40][41]. В матче 29-го тура чемпионата Англии с «Вест Бромвичем» Ли Бойер получил свою 100-ю жёлтую карточку. Таким образом он стал первым футболистом в истории Премьер-лиги, который достиг такого показателя.
Бойер вышел в стартовом составе в финале Кубка лиги 2011 года[42]. По окончании сезона, «Бирмингем» покинул Премьер-лигу, и контракт с Бойером не был продлён.
Карьера в сборной
В начале своей карьеры за «Лидс» Ли Бойер регулярно играл за сборную Англии до 21 года, выйдя в её майке 13 раз[43]. Прекрасная форма Бойера стала причиной получения вызова во взрослую сборную. Тем не менее, Футбольная ассоциация Англии запретила Бойеру выступать за сборную до окончания рассмотрения дела, возбуждённого против него[44]. После окончания судебного процесса, Бойер получил вызов на товарищеский матч с Португалией[45]. Дебют Бойера ознаменовался тем, что он принял участие в голе его партнёра по «Лидсу» Алана Смита[46]. После этого Ли Бойер не вызывался в национальную сборную.