Основана как архиепископия на территории Бессарабии после принятия 9 апреля 1918 года в Кишинёве Советом края («Сфатул Цэрий») решения о присоединении Бессарабии к Румынии (ранее, с 1812 года входила в Российскую империю и на её территории действовала Кишинёвская и Хотинская епархияРусской православной церкви). В мае 1918 года русский архиепископ Кишинёвский Анастасий (Грибановский) покинул Бессарабию, отказавшись подчиниться румынским властям, предлагавшим ему войти в подчинение Румынской церкви. 14 июня 1918 года Священный синод в Бухаресте назначил заместителем местоблюстителя архиепископа на Кишинёвскую кафедру епископа Хушского Никодима (Мунтяну). Последний принял ряд мер по соединению епархии с Румынской церковью. При следующем архиерее — Гурие (Гросу) — в 1928 году епархия была возведена в ранг митрополии с кафедрой в Кишинёве.
Во время нахождения Бессарабии в составе СССР в 1940—1941 годах Московский патриархат, не признававший законности подчинения епархии Румынской православной церкви, восстановил над нею свою юрисдикцию: в декабре 1940 года епископ Тульский Алексий (Сергеев) был назначен временно управляющим Кишинёвской епархией, а в мае 1941 года — её правящим архиереем. Однако из-за взятия Бессарабии румынскими войсками в 1941 году он был эвакуирован в СССР. В период с 1941 по 1944 год территория Бессарабии, а также Одесская область входили в состав Королевство Румыния и были под церковной юрисдикцией Бессарабской митрополии Румынской православной церкви.
В 1944 году территория вновь вошла в состав СССР, и деятельность Кишинёвской епархии Московского патриархата возобновилась.
После обретения Молдавией независимости в 1991 году встал вопрос о возможном присоединении к Румынии. 14 сентября 1992 года группа молдавских священнослужителей провела епархиальную ассамблею и заявила о воссоздании отдельной «Бессарабской митрополии» и о переходе в Румынскую церковь; во главе митрополии стали викарный епископ Бельцкий Петр (Пэдурару) и протоиерей Пётр Бубуруз, которые Синодом Русской православной церкви 20 октября были запрещены в священнослужении, а 19 декабря без отпускных грамот приняты в Румынскую православную церковь, которая объявила деятельность Бессарабской митрополии возобновлённой.
24 мая 2018 года Синод Румынской церкви избрал двух епископов на вакантные кафедры митрополии: архимандрит Вениамин (Горяну) определён быть епископом епархии Южной Бессарабии, а викарный епископ Кишинёвской епархии Антоний (Телембич) — епископом Бельцким[2].
Современное состояние
На настоящий момент[когда?] Бессарабская митрополия включает в себя 104 действующих прихода и 5 монастырей.
Никодим (Мунтяну) 14.VI.1918-31.XII.1919 назначен как «заместитель местоблюстителя архиепископа» Кишинёвского
Гурий (Гросу) 1.I.1920-14.XI.1943 выбран архиепископом Бессарабским 21.II.1920, интронизирован 16.V.1920, митрополит с 28.IV.1928, на покое с 11.XI.1936
Шорников П. М. Кризис Православной Церкви в Бессарабии (1918—1940) // Труды Современного Гуманитарного ин-та: Вып.3. — Кишинёв, 2006. — С. 92-107.
Шорников П. М. Церковная агрессия Румынии. 1941—1944 гг. // Восточная политика Румынии в прошлом и настоящем (конец XIX — начало XXI вв.) : сборник докладов международной научной конференции [Тирасполь, 24-25 марта 2011 г.]. — Москва : РИСИ, 2011. — 318 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-7893-0138-8 — С. 162—187
Содоль В. А. Экспансионистская политика Румынской православной церкви на территории бывших советских республик в конце XX-начале XXI вв. // Восточная политика Румынии в прошлом и настоящем (конец XIX — начало XXI вв.) : сборник докладов международной научной конференции [Тирасполь, 24-25 марта 2011 г.]. — Москва : РИСИ, 2011. — 318 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-7893-0138-8 — С. 217—221
Букарский В. В. «Бессарабский раскол» как форма геополитической экспансии Румынии // Восточная политика Румынии в прошлом и настоящем (конец XIX — начало XXI вв.) : сборник докладов международной научной конференции [Тирасполь, 24-25 марта 2011 г.]. — Москва : РИСИ, 2011. — 318 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-7893-0138-8 — С. 258—279
Стратулат Н. В. «Бессарабская митрополия» — антиканоничная церковная структура на территории Республики Молдова // Восточная политика Румынии в прошлом и настоящем (конец XIX — начало XXI вв.) : сборник докладов международной научной конференции [Тирасполь, 24-25 марта 2011 г.]. — Москва : РИСИ, 2011. — 318 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-7893-0138-8 — С. 289—306
Стратулат Н. В. Восточная политика Румынской Православной Церкви на территории Молдавии в XX веке : историография вопроса // Труды Перервинской православной духовной семинарии: научно-богословский журнал. № 4 (1) / ред. прот. Владимир Чувикин. — М. : Перервинская православная духовная семинария, 2012. — 152 с. — С. 80—95.
Александр Крылов.История одного раскола (неопр.). НГ Религии (4 февраля 2009). — Бессарабская митрополия: нерешённая проблема православного мира. Дата обращения: 13 февраля 2009.