Болельщики «Аустрии» на финале Кубка Австрии в 2011 году.
В 1914 году в Лустенау было учреждено спортивное общество под названием «Федерация гимнастики Лустенау» (нем.Turnerbundes Lustenau). Футбольное отделение активно занималась проведение товарищеских матчей, поскольку в Форарльберг не существовало футбольной ассоциации[2]. Из-за начала Первой мировой войны, деятельность клуба была временно приостановлена до 1919 года[3]. 4 июня 1920 года была учреждена футбольная ассоциация Форарльберга, что позволило команде вступить в чемпионат и активно участвовать в официальных соревнованиях[4].
В 1936 году футбольное отделение было убрано из состава «Федерации гимнастики Лустенау» и переименовано в «Аустрия Лустенау»[5]. В этом же году команда одержала победу в Кубке Форарльберг и на следующий сезон стала чемпионам Форарльберга. После аннексии Австрии, клуб был распущен, и его деятельность была возобновлена только после окончания войны[3].
В сезоне 1996/97 «Аустрия Лустенау» выиграла Вторую лигу (которая называлась — Вторым дивизионом) и получив возможность провести следующий сезон в Бундеслиге, впервые в своей истории[6]. В первом матче Бундеслиги команда играла с тогдашним чемпионом «Аустрией Зальцбург» и одержала победу со счетом 2:0[7]. В конце сезона команда заняла 9-е место[8].
21 июля 1999 года состоялось первое дерби Форарльберга в рамках Бундеслиги, «Аустрия Лустенау» принимала на своём поле команду «Брегенц», и одержала убедительную победу со счётом 3:0[9]. В конце сезона команда оказалась на последнем месте в турнирной таблице и вылетела во Вторую лигу (которая называлась — Первая лига)[10].
В сезоне 2010/11 «Аустрия Лустенау» неожиданно достигла финала Кубка Австрии, где встретилась с командой «Рид». В этом матче «Аустрия Лустенау» потерпела поражение со счётом 0:2[11]. По ходу кубка в четвертьфинале они смогли выбить из соревнования команду «Аустрия Вена», многократного чемпиона Австрии[12].
В 2020 году «Аустрия Лустенау» смогла ещё раз дойти до финала Кубка Австрии, где они встретились с действующим обладателем кубка, командой «Зальцбург». Изначально финал был запланирован на 1 мая, однако из-за пандемии COVID-19 он был перенесен на 29 мая[13]. Матч прошел без зрителей и завершился поражением «Аустрии Лустенау» со счетом 5:0[14].
В сезоне 2021/22 «Аустрия Лустенау» выиграла Вторую лигу. Этот успех позволил клубу вернуться в элитный футбольный дивизион спустя 22 года и сыграть свой трейтий сезон в истории Бундеслиги[15].