В январе 1918 года вернулся в Петрозаводск, работал конторщиком на Мурманской железной дороге. В апреле 1918 года избран председателем исполкома Олонецкого губернского совета, с 1919 года — Олонецкого губернского военного революционного комитета[6], с 1920 года — председателем Объединённого президиума Карело-Олонецкого губисполкома и ревкома.
С декабря 1918 года — член Олонецкого губкома ВКП(б). Делегат VIII, IX, X съездов ВКП(б). В августе 1918 года раскрыл контрреволюционныйзаговор офицеров в Петрозаводске.
Под руководством П. Ф. Анохина в Олонецкой губернии был проведён ряд мер, направленных на восстановление экономики (работы Александровского завода и Мурманской железной дороги), народного образования и культуры.
С мая 1921 года — ответственный секретарь Дальневосточного бюро ЦК РСДРП(б), особый уполномоченный Наркомата иностранных дел ДВР на переговорах с Японией. Член Совета частей особого назначения (ЧОН).
Убит членами банды К. Ленкова на 33-м км Витимского тракта. Был похоронен на территории современной Читинской области. Могила П. Ф. Анохина не сохранилась.
Память
Писатель Д. Я. Гусаров отразил жизненный путь и деятельность П. Ф. Анохина в художественной повести «Три повести из жизни Петра Анохина».
Памятники П. Ф. Анохину установлены в Петрозаводске (скульптор В. В. Афанасьев, открыт 24 октября 1968 года на пересечении проспекта Ленина и улицы Анохина)[9] и Чите (сквер имени Анохина, перекресток ул. Анохина и Профсоюзной; открыт в 1964)[10].
В 1921 году именем П. Ф. Анохина назван пароход Кареллеса «Никитин».
В 1928 году пароход Северо-Западного речного пароходства «Гагара» (бывший «Царь») был переименован в «Анохин» (списан в 1958 г.)[11].
В 1989 году именем Анохина был назван сухогруз «Сормовский-3065» Беломорско-Онежского пароходства, в настоящее время принадлежит частному предпринимателю, порт приписки Новороссийск[12][13][14].
Гражданская война и военная интервенция в СССР: Энциклопедия / Гл. ред.: С. С. Хромов; Ред. кол.: Н. Н. Азовцев, Е. Г. Гимпельсон, П. А. Голуб и др. — М.: Советская энциклопедия, 1983. — С. 37.
Василевский В. И. Революция и Гражданская война в Забайкалье: Краткий биогр. указ. — Чита, 1989.
Дорошин Х. Г. Большевик Анохин // Рядовые революции. — Петрозаводск, 1988.
Дорошин Х. Г. Большевик П. Ф. Анохин. — Петрозаводск, 1957 и последующие издания.
Гусаров Д. Я. Три повести из жизни Петра Анохина. — Петрозаводск, 1968. — 351 с.