В 1871 году, во время франко-прусской войны, был послан в прусскую армию. Возвратясь из командировки, издал брошюру «Заметки и впечатления русского офицера». Особое внимание уделил вопросу о применении железных дорог к военному делу, в 1867 году он напечатал в «Военном Сборнике» ряд статей по этому вопросу.
С 1869 по 1875 год состоял заведующим делами комитета по передвижению войск железной дорогой и водой.
В 1875 году Анненковым была представлена записка относительно состояния и силы железных дорог России. Ввиду предстоявшей войны с Турцией записка эта вызвала учреждение комиссии для исследования железнодорожного дела в России, под председательством графа Баранова. Анненков был назначен членом и управляющим делопроизводством этой комиссии.
Во время войны 1877—1878 годов и позже, до 1884 года, Михаил Николаевич был членом временного исполнительного комитета по передвижению войск. Перед ахалтекинской экспедицией на Анненкова было возложено сооружение железной дороги от Михайловского до Кизил-Арвата; затем он был назначен начальником военных сообщений Закаспийского края.
18 декабря 1880 года он был ранен при рекогносцировке Янги-Калы и вынужден оставить свою должность. Ему была поручена постройка стратегических железных дорог в Полесье. В 1886—1887 годах заведовал постройкой Самаркандского участка Закаспийской железной дороги, которая была открыта летом 1888 года. В том же году был назначен управляющим Закаспийской железной дорогой[1][2][3], но оставался на этой должности недолго.
В 1891—1892 годах Анненков был поставлен во главе временного особого управления общественными работами, предпринятыми правительством для помощи населению, пострадавшему от неурожая. Последние годы жизни состоял членом Военного совета (с 4 июля 1891 года) и 30 августа 1892 года был произведён в чин генерала от инфантерии.
Генерал Анненков допустил ряд финансовых злоупотреблений, раскрытие которых привело к ультиматуму со стороны военного министра А. Н. Куропаткина: "Куропаткин предложил Анненкову ликвидировать эти дела в кратчайший срок, так как иначе он о них доложит государю. Вследствие этого требования Анненков в начале 1899 года покончил с собою"[4].
Вера Михайловна (1873 — после 1962), фрейлина, умерла в Париже.
Мария Михайловна (1875—1942), фрейлина, во время Первой мировой войны была сестрой милосердия и вице-председателем общества «Муравей» по снабжению бедных. Умерла в эмиграции в Париже.
жена графиня Елизавета фон Эстеррейх (1864—1926), дочь Людвига фон Эстеррейха (1831—1875) от брака с Матильдой Шольц (1836—1887).
В 1896 году русский поселок на пограничной реке Сумбар в Туркмении был назван в его честь — Анненковский, ныне Куруждей Махтумкулинского этрапа Балканского велаята.
Одна из центральных улиц[6] города Асхабада, ведущая от железнодорожного вокзала на юг в сторону Гаудана и далее в иранский Баджгиран, названа в его честь. В советское время переименована в проспект Ленина, ныне Туркменбаши шаелы.
21 октября 1913 года в Самарканде возле вокзала ему был установлен памятник[7][8] — на каменном постаменте бюст М. Н. Анненкова и двуглавый орёл. С приходом Советской власти бюст и орёл были демонтированы по идеологическим соображениям, и 19 сентября 1924 года на том же постаменте была установлена статуяВ. И. Ленина, которая после 1991 года была заменена на изображение Герба Узбекистана[9].
↑Марков Е.Л.В Туркмении (путевые очерки) (рус.) // Русское обозрение : журнал. — 1892. — Май (№ 5). — С. Х Переправа через Аму-Дарью. Архивировано 9 февраля 2021 года.
↑Федоров К.М.Глава XIV Деятели Закаспийской области // Закаспийская область / под ред. Федорова К.М.. — Асхабад: Федоров К.М., 1901. — С. 7 - 9. — 275 с.
↑Под рук. Г. В. Глинки. Азиатская Россия (рус.). — СПб.: Переселенческое управление Главного управления землеустройства и земледелия, 1914. — Т. 1. — С. 82.