В Красной Армии с октября 1918 года. В 1919 году окончил 2-е Советские Петергофские командные пехотные курсы. В Гражданскую войну С. Д. Акимов с марта 1919 года служил на Петергофских командных пехотных курсах: командир взвода, с мая 1920 — помощник командира роты, с июля 1920 — командир роты, с августа 1920 — командир батальона, с сентября 1920 — командир бригады курсантов. За время войны курсы несколько раз были отправлены на фронт, в составе сводных отрядов курсантов Акимов воевал против войск генерала Н. Н. Юденича и А. И. Деникина. Был ранен. С октября 1920 года командовал ротой на 2-х Советских Петергофских командных пехотных курсах. С курсантами участвовал в подавлении Кронштадтского восстания в марте 1921 года.
Межвоенный период
С июля 1921 года С. Д. Акимов проходил службу в должности начальника пулемётной команды 1-го стрелкового полка 2-й Петроградской отдельной бригады курсантов, с января 1922 года вновь командир роты 2-х Советских Петергофских командных пехотных курсов. С апреля 1922 года — начальник пулемётной команды 2-х Смоленских пехотных курсов и 2-го Петроградского полка особого назначения. С августа 1923 года — командир батальона 204-го Петроградского полка, с июля 1924 года — командир Усть-Ижорской караульной роты.
В первый день Великой Отечественной войныС. Д. Акимов назначен на должность помощника командующего Северо-Западного фронта, участвовал в Прибалтийской стратегической оборонительной операции. По приказу командующего войсками фронта Ф. И. Кузнецова создал сводную оперативную группу из разрозненных частей и подразделений в районе города Даугавпилс с целью обороны города и недопущения форсирования противником реки Даугава. 26 июня 8-я танковая дивизия4-й танковой группы противника с ходу форсировала реку Даугава и ворвалась в город. Сводной группе С. Д. Акимова в условиях явного превосходства противника в силах и средствах, особенно в артиллерии и авиации, отстоять город не удалось. Проведённая контратака совместно с подошедшими частями 5-го воздушно-десантного корпуса успеха не принесла. Впрочем, командование армии оценило действия сводной группы генерала Акимова по задержанию немецкого наступления высоко[4]. Генерал Акимов был представлен к награждению орденом Красного Знамени, вскоре это награждение состоялось[5].
Во время Ленинградской стратегической оборонительной операции с 31 июля 1941 года С. Д. Акимов командовал Новгородской армейской оперативной группой, а уже 4 августа 1941 года назначен командующим 48-й армией, сформированной на Северо-Западном фронте на базе этой группы. Не закончив формирования, армия 7 августа начала оборонительные бои на рубеже Большой Волок, река Мшага, Шимск. Только на 4-й день врагу удалось прорвать оборону армии в районе Шимска и 15 августа захватить западную часть Новгорода. В дальнейшем армия под командованием С. Д. Акимова в составе Северного (с 19 августа) и Ленинградского (с 27 августа) фронтов вела упорные оборонительные бои с группировкой противника, наступавшей в направлении Чудово, Колпино, и под ударами её превосходящих сил в начале сентября вынуждена была отойти в район Шлиссельбурга. Генерал-лейтенант А. И. Черепанов в своей книге «Поле ратное моё» вскользь упоминает, что Главком Северо-Западного направления К. Е. Ворошилов в августе 1941 года хотел снять С. Д. Акимова с должности как не справляющегося и, якобы, по просьбе Черепанова не стал этого делать.
Впрочем, 31 августа 1941 года Акимов был освобождён от должности командующего армией, а 14 сентября 1941 года полевое управление 48-й армии было расформировано, войска переданы на доукомплектование 54-й армии. Сам же генерал С. Д. Акимов был направлен на учёбу в особую группу Академии Генерального штаба им. К. Е. Ворошилова.
В начале октября обучение было прервано. 10 октября назначен командующим 43-й армией. На генерала Акимова была возложена сложнейшая задача: необходимо было не только провести огромную работу по сбору, приведению в порядок и сколачиванию остатков соединений и частей 43-й армии, но и в кратчайший срок закрыть одновременно три направления: Боровское, Малоярославецкое и Детчинское. Огромную личную роль сыграл в сохранении и переформировании 113-й стрелковой дивизии, вышедшей из Вяземского котла. После прибытия нового командующего 43-й армии генерал-майора К. Д. Голубева, с 18 октября руководил левым крылом объединения (южной группировкой войск 43-й армии). 23 октября 1941 года был тяжело ранен осколком мины в районе деревни Корсаково[6].
Гибель
Погиб 29 октября 1941 года в районе села ГолодяевкаПензенской области при катастрофе самолёта, пилотируемого Н. Б. Фегервари, эвакуировавшего из Москвы в Куйбышев самого раненного генерала Акимова и сотрудников Народного комиссариата авиационной промышленности[7]. Тела всех погибших были перевезены в посёлок Белое Озеро и захоронены в братской могиле на поселковом кладбище[8].
Коллектив авторов. Великая Отечественная. Командармы. Военный биографический словарь / Под общей ред. М. Г. Вожакина. — М.; Жуковский: Кучково поле, 2005. — С. 13—14. — ISBN 5-86090-113-5.
Михеенков С. Е. Серпухов. Последний рубеж. 49-я армия в Битве за Москву. — М.: Центрполиграф, 2011. 254 с. ISBN 978-5-227-02802-0.
Соловьев Д. Ю. Все генералы Сталина. — М., 2019. — ISBN: 9785532106444.