Efectele secundare comune includ greață, vărsături, erupții cutanate și diaree.[10] Pot apărea ocazional reacții alergice severe și infecții cu Clostridium difficile.[10] Utilizarea acestuia în timpul sarcinii nu este recomandată.[10][11] Se pare că este sigur în timpul alăptării, atâta timp cât bebelușul este sănătos.[12][11] Trimetoprim/sulfametoxazolul, în general, duce la moartea bacteriilor.[10] Funcționează prin blocarea sintezei și utilizării de către microorganisme a acidului folic.[10]
^World Health Organization (). World Health Organization model list of essential medicines: 21st list 2019. Geneva: World Health Organization. WHO/MVP/EMP/IAU/2019.06. License: CC BY-NC-SA 3.0 IGO.Mentenanță CS1: Utilizează parametrul autori (link)
^Hamilton, Richart (). Tarascon Pocket Pharmacopoeia 2015 Deluxe Lab-Coat Edition. Jones & Bartlett Learning. p. 105. ISBN9781284057560.