Tatăl lui Sextus, Pompei, a fost un dușman al lui Iulius Cezar timp de mulți ani și, în cele din urmă această adversitate s-a accentuat, în 49 î.Hr., cu începutul războiului civil a lui Cezar. Pompei a fost executat în anul 48 î.en de către egipteni, dar Sextus și fratele său, Gnaeus Pompeius Magnus, au continuat lupta până în anul 45 î.Hr., când era clar că Cezar a ieșit învingător. După bătălia de la Munda, fratele lui Sextus, a fost executat, dar Sextus a scăpat ascunzându-se în Sicilia.
Aflând că se găsește pe lista proscrișilor, Sextus își alege ca bază Sicilia și pornește o revoltă împotriva stăpânirii Romei. A capturat Tyndaris, Mylae, și capitala provinciei, Messina, iar alte orașe precum Siracuza i s-au alăturat, astfel Pompei a devenit o forță în cadru războielelor civile romane de după moartea lui Iulius Cezar. Prietenilor răposatului său tată i s-au alăturat în dorința de a păstra Republica Romană și a împiedica ascensiunea unui împărat, ceea ce ar fi transformat Roma într-un imperiu. Sclavii, veniți de la vilele patricienilor, s-au unit sub Sextus, ceea ce i-a afectat pe romani atât demult încât au rugat zeii să oprească.
Sextus Pompeius a strâns o armată formidabilă și o flotă navală de război impresionantă. Acesta instaurează o blocadă comercială împotriva Romei, întrerupând transporturile, în special de cereale, ceea ce a revoltat populația romană. Triumvirii s-au văzut obligați să încheie o pace cu Sextus. Conform termenilor pactului de la Misenium, Roma l-a recunoscut pe Pompeius Sextus ca domnitor al Siciliei, Sardiniei și Corsicăi, iar acesta a ridicat blocada și a acceptat să nu mai alăture sclavi fugari cauzei sale.
Agrippa a construit un canal între lacul Lucrine și mare, transformându-l într-un port pe care la numit Portus Iulius, creat pentru a instrui navele pentru bătăliile navale. A fost constituită și o flotă cu 20.000 de vâslași sclavi. Aceste nave aveau o punte mai largă pentru a transporta mai mulți infanteriști. Antoniu și-a schimbat 20.000 de infanteriști pe 120 de nave de război. Cele două flote au plecat în iulie 36 î.Hr. din Italia, iar Lepidus a plecat din nordul Africii cu o a treia flotă pentru a ataca cetatea lui Sextus din Sicilia.
În luna august, Agrippa a fost capabil de a-l învinge în cele din urmă Sextus într-o bătălie navală în apropierea de Mylae (orașul Milazzo de azi), iar Octavian a fost învins și grav rănit într-o bătălie lângă Taormina.
La Naulochus, Agrippa și Sextus, fiecare în fruntea a 300 de nave, se întâlnesc. După o bătălie sângeroasă și lungă, Agrippa pierde trei nave, în timp 28 de nave a lui Sextus au fost scufundate, 17 au fugit, iar restul au fost arse sau scufundate. Armata și flota siciliană au avut de suferit, ca și orașele Tyndares și Messina.
Urmări
În 36 î.Hr., Sextus a fugit din Sicilia ( ce a marcat sfârșitul revoltei siciliene), la Milet în cazul în care, în 35 î.Hr., el a fost capturat și executat fără proces (lucru ilegal, deoarece Sextius a fost cetățean roman și, prin urmare, avea dreptul incontestabil la un proces) de Marcus Titius, unul dintre slujitorii a lui Marcus Antonius. Această încălcare a legii îi va fi favorabilă lui Octavian, când va începe conflictul dintre el și Antoniu.
O mutare politică greșită de Lepidus i-a dat lui Octavian o scuză de-al deposedat de toate birourile sale, cu excepția poziției de Pontifex Maximus și-al trimite în exil la Circeii, făcându-se vinovat de uzurparea a puterii politice în Sicilia și tentativă de rebeliune. Provinciile sale i-au fost oferite lui Octavian.
O mare parte din terenurile agricole din Sicilia au fost distruse sau lăsate necultivate, și o mare parte din acest teren a fost luată și distribuit membrilor de legiunile care au luptat în Sicilia. Acest hotărâre a servit pentru a popula Sicilia, cu locuitori loiali, recunoscători, pentru a evita o nouă revoltă siciliană și a promis să aducă productivitate Siciliei devastate de război.
De asemenea, 30.000 de sclavi s-au întors la stăpânii lor, iar ca exemplu, 6.000 au fost trași în țeapă.