S-a căsătorit cu Prințul Frederic de Schaumburg-Lippe (1868–1945), la Palatul Amalienborg, la 5 mai 1896. Cuplul a avut trei copii. Mariajul a fost unul nefericit și Prințesa Louise a petrecut mult timp vizitându-și familia, unde stătea câte 2-3 luni. De asemenea, tatăl ei venea s-o viziteze în fiecare an.
Prințesa Louise a murit la castelul Ratiboritz la 4 aprilie 1906, la vârsta de 31 de ani. Ea și socrul ei, Prințul Wilhelm de Schaumburg-Lippe au murit la cinci ore distanță.[1]
Cauza oficială a morții Prințesei Louise a fost "inflamare cerebrală" cauzată de meningită, după săptâmâni de boală. S-a zvonit că a încercat să se sinucidă prin înecarea în lacul castelului de pe domeniul soțului ei Ratiboritz.
Arbore genealogic
Arbore genealogic pentru Prințesa Louise a Danemarcei