Pe data de 5 octombrie 1522 Maria Iacobea s-a căsătorit la München cu ducele Wilhelm al IV-lea de Bavaria (1493–1550), fiul cel mare al ducelui Bavariei, Albert al IV-lea, și al arhiducesei Cunigunda de Austria. Blazonul familiei, care apare pe arcada din prima curte interioară a Castelului Burghausen, cuprinde stema Bavariei și cea a Palatinatului Baden, alături de anul 1523.
Maria Iacobea și Albert al IV-lea au avut patru copii:
Albert (n. 1528 – d. 1579), succesorul tatălui său, căsătorit în 1546 cu arhiducesa Anna de Austria (1528–1590), fiica împăratului romano-german Ferdinand I;[2]