Lista software-urilor de analiză filogenetică

Această listă de software-uri de analiză filogenetică este o compilație de software-uri de filogenetică computațională utilizată pentru a produce arbori filogenetici . Astfel de instrumente sunt utilizate în mod obișnuit în genomica comparativă, cladistică și bioinformatică . Metodele de estimare a filogeniilor includ metode de îmbinare a vecinilor, parcimonie maximă (denumită și simplu parcimonie), UPGMA, inferență filogenetică bayesiană, probabilitate maximă și metode matrice de distanță.

Listă

Name Description Methods Author
ADMIXTOOLS[1] Pachet din R care conține programele qpGraph, qpAdm, qpWave și qpDstat Nick Patterson and David Reich
AncesTree[2] Un algoritm pentru reconstrucția arborelui clonal din date de secvențiere a cancerului cu mai multe eșantioane. Maximum Likelihood, Integer Linear Programming (ILP) M. El-Kebir, L. Oesper, H. Acheson-Field, and B. J. Raphael
AliGROOVE[3] Vizualizarea divergenței secvențelor eterogene în cadrul aliniilor de secvențe multiple și detectarea suportului ramificat umflat Identificarea taxonilor unici care prezintă asemănare de secvență predominant randomizată în comparație cu alți taxoni într-o aliniere a secvenței multiple și evaluarea fiabilității suportului nodului într-o topologie dată Patrick Kück, Sandra A Meid, Christian Groß, Bernhard Misof, Johann Wolfgang Wägele.
ape[4] Pachet din R-Project pentru analiza filogeneticii și evoluției Oferă o mare varietate de funcții filogenetice Maintainer: Emmanuel Paradis
BayesPhylogenies[5] Inferența bayesiană a copacilor folosind metodele Monte Carlo ale lanțului Markov Inferență bayesiană, modele multiple, model mixt (auto-partiționare) M. Pagel, A. Meade
BayesTraits[6] Analizează evoluția trăsăturilor între grupurile de specii pentru care este disponibilă o filogenie sau o probă de filogenie Analiza trăsăturilor M. Pagel, A. Meade
BEAST[7] Arbori de eșantionare de analiză evolutivă bayesiană Inferență bayesiană, ceas molecular relaxat, istorie demografică A. J. Drummond, M. A. Suchard, D Xie & A. Rambaut
Geneious Geneious oferă instrumente de cercetare a genomului și proteomului Neighbor-joining, UPGMA, MrBayes plugin, PHYML plugin, RAxML plugin, FastTree plugin, GARLi plugin, PAUP* Plugin A. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al.
MEGA Analiza genetică evolutivă moleculară Distanță, parcimonie și metode de probabilitate maximă compusă Tamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S
MrBayes Estimarea probabilității posterioară Inferență bayesiană J. Huelsenbeck, et al.[8]
phangorn[9] Un pachet din R; Analiză filogenetică ML, MP, matrice de distanțe, bootstrap, rețele filogenetice, bootstrap, selecție model, SH-test, SHOW-test Maintainer: K. Schliep
Phybase[10] un pachet R pentru analiza arborilor filogenetici funcții filogenetice, STAR, NJst, STEAC, maxtree etc L. Liu & L. Yu

Note

  1. ^ „Ancient admixture in human history”. Genetics. 192 (3): 1065–93. noiembrie 2012. doi:10.1534/genetics.112.145037. PMC 3522152 Accesibil gratuit. PMID 22960212. 
  2. ^ „Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data”. Bioinformatics. 31 (12): i62–70. iunie 2015. doi:10.1093/bioinformatics/btv261. PMC 4542783 Accesibil gratuit. PMID 26072510. 
  3. ^ „AliGROOVE--visualization of heterogeneous sequence divergence within multiple sequence alignments and detection of inflated branch support”. BMC Bioinformatics. 15 (1): 294. august 2014. doi:10.1186/1471-2105-15-294. PMC 4167143 Accesibil gratuit. PMID 25176556. 
  4. ^ „APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language”. Bioinformatics. Oxford, England. 20 (2): 289–90. ianuarie 2004. doi:10.1093/bioinformatics/btg412. PMID 14734327. 
  5. ^ BayesPhylogenies 1.0. Software distributed by the authors.,  
  6. ^ „BayesTraits. Computer program and documentation”. . pp. 1216–23. [nefuncțională – arhivă]
  7. ^ „Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7”. Molecular Biology and Evolution. 29 (8): 1969–1973. . doi:10.1093/molbev/mss075. PMC 3408070 Accesibil gratuit. PMID 22367748. 
  8. ^ Huelsenbeck, J. P.; Ronquist, F. (august 2001). „MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees”. Bioinformatics. 17 (8): 754–755. doi:10.1093/bioinformatics/17.8.754. ISSN 1367-4803. PMID 11524383. 
  9. ^ „phangorn: phylogenetic analysis in R”. Bioinformatics. 27 (4): 592–3. februarie 2011. doi:10.1093/bioinformatics/btq706. PMC 3035803 Accesibil gratuit. PMID 21169378. 
  10. ^ „Phybase: an R package for species tree analysis”. Bioinformatics. 26 (7): 962–3. aprilie 2010. doi:10.1093/bioinformatics/btq062. PMID 20156990. 

Vezi și

Strategi Solo vs Squad di Free Fire: Cara Menang Mudah!