Navas sa alăturat echipei de tineret al Sevilla FC la 15 ani. Anul următor a câștigat încrederea antrenorului și a jucat 22 de partide în ligă, marcând de 3 ori. Navas a promis și, ca urmare a marelui său joc la o vârstă atât de fragedă, a sosit promovarea la prima echipă. Și-a făcut debutul în liga cu Sevilla pe 23 noiembrie 2003, jucând 12 minute în înfrângerea cu 0-1 împotriva lui RCD Espanyol.
Manchester City
Pe 3 iunie 2013, clubul din Sevilla a făcut oficial transferul lui Navas către Manchester City pentru 20 de milioane de euro, plus cinci milioane și jumătate în variabile.
Revenirea la Sevilla FC
La data de 1 august 2017, Navas a revenit la clubul unde și-a început cariera de fotbalist.
La 22 decembrie 2024, a urmat retragerea sa din fotbal la vârsta de 39 de ani jucând ultimul său meci ca profesionist pe Estadio Santiago Bernabéu împotriva lui Real Madrid, pierzând cu 4-2.
