* Apariții și goluri pentru echipa de club doar în cadrul campionatului intern la data de 23 noiembrie 2021 # Selecții și goluri la națională până la data de 23 noiembrie 2021
Farfán și-a început cariera la Alianza Lima din Peru, pentru care a semnat în 2001. În primul an a fost folosit puțin iar în cel de-al doilea a fost folosit cu regularitate, ajutându-și echipa să câștige campionatul peruan.
În ultimul an petrecut la Alianza Lima, a marcat 14 goluri, intrând astfel în atenția cluburilor europene. La finalul acelui sezon s-a transferat la echipa olandeză, PSV Eindhoven, care a plătit pentru el două milioane de euro €, la insistențele antrenorului de atunci al lui PSV, Guus Hiddink.
La 5 iunie2008, Farfán s-a transferat în Bundesliga, la Schalke, care a plătit în schimbul transferului său 10 milioane de euro[1]. Cinci zile mai târziu, pe 10 iunie, Schalke a anunțat că Farfán a semnat un contract valabil patru ani[2].
Echipa națională
Farfán a fost selecționat pentru prima oară la echipa națională, în 2003, de atunci, el este convocat cu regularitate, fiind un om de bază în teren. Farfán a fost al doilea golgheter al grupei preliminare din America de Sud pentru Cupa Mondială din 2006, înscriind șapte goluri.
În 2008 a fost suspendat 18 luni de Federația Peruană de Fotbal,[3] dar la 3 iulie2008, în urma unui apel, pedeapsa a fost redusă la 3 luni.