Irene Khan s-a născut și a crescut într-o familie relativ înstărită din Bangladesh.
Războiul civil și încălcarea flagrantă a drepturilor omului au contribuit la formarea caracterului Irenei Khan și la acțiunile sale ulterioare. Având statutul de refugiat, a studiat la școli din Irlanda de Nord. A urmat cursurile Facultății de Drept a Universității din Manchester. Apoi s-a specializat în Drept Internațional la Universitatea Harvard din Statele Unite ale Americii și și-a dezvoltat interesul pentru drepturile omului.
S-a alăturat apoi, în 1980, Comisiei pentru Refugiați din cadrul Organizației Națiunilor Unite.
În 1995, a fost numită Director al Comisiei în India, fiind cel mai tânăr ocupant al unei asemenea funcții, iar în 1998 a primit șefia Centrului de Cercetare și Documentare din cadrul Comisiei. În 1999, în timpul Războiului din Kosovo, a condus echipa Comisiei în Macedonia, și în decursul aceluiași an a fost numită Director adjunct al Protecției Internaționale din cadrul Organizației Națiunilor Unite.