A fost hirotonit preot în anul 1903. A activat ca paroh al Bisericii Sf. Vasile din str. Polonă și protopop al românilor greco-catolici din București. La data de 27 august1916, în ziua intrării Regatului Român în Primul Război Mondial, protopopul Ioan Bălan a fost arestat de autoritățile române sub acuzația de a fi spion austro-ungar. De față la arestarea sa, care a avut loc la reședința episcopală din strada Esculap (în prezent str. Pictor C. Stahi, nr. 5-7), a fost arhiepiscopul Netzhammer, care a relatat situația în memoriile sale.[2] Referatul întocmit în urma analizei probelor ridicate cu ocazia percheziției arată că a fost găsită „o carte poștală dela [sic] consulatul austro-ungar, prin care el este invitat să se prezinte la acest consulat; nu se spune cauza pentru care e chemat. Celelalte scrisori nu conțin nimic ce ar interesa Siguranța Statului.” În pofida protestului unor intelectuali adresat primului ministru, protopopul Ioan Bălan a fost trimis în lagăr la Huși.[3] În data de 3 septembrie1916Regele Ferdinand i-a transmis Arhiepiscopului Netzhammer nedumerirea sa față de arestarea lui Ioan Bălan, iar arhiepiscopul a răspuns cu părerea că Ioan Bălan era victima intrigilor lui preotului Vasile Lucaciu, presupunere împărtășită și de rege.[4]
^Raymund Netzhammer, Bischof in Rumänien, München 1995, pag. 630: Der Părinte Bălan, ein begeisterter Nationalrumäne aus Teiuș in Siebenbürgen, empfängt die Kommission ganz vergnügt, öffnet Schreibtisch, Kasten und Kästchen und liefert die Schlüssel ab. Die Häscher verlangen von ihm eine Handtasche, packen seine Briefschaften und andere Manuskripte in das Köfferchen, nehmen dieses mit, schließen die Zimmertüre, hängen amtliche Siegel daran und laden unseren lieben Herrn Bălan ein, ihnen zu folgen. Dieser glaubt, in einer guten halben Stunde wieder zurück zu sein, um sich noch genügend auf seine morgige Festpredigt vorbereiten zu können, denn man feiert in der morgenländischen Kirche das Fest Mariä Himmelfahrt. Mit wehmütigem Blick folge ich dem seeleneifrigen Herrn, bis er mit der Kommission und den zahlreichen Sergeanten aus der Esculapstraße verschwindet.
^Raymund Netzhammer, Bischof in Rumänien, München 1995, pag. 635 și urm.: Ganz unverständlich war ihm die Verhaftung des unierten Priesters Bălan. „Aber Bălan ist ja Rumäne!” rief er aus. „Gewiß, Majestät”, war meine Antwort, „Bălan ist sogar ein ganz vorzüglicher Rumäne, aber nicht nach dem Geschmacke des Părinte Lucaciu, der ihn ohne Zweifel auf die schwarze Liste setzen ließ.”