Ginevra avea o soră geamănă numită Lucia, decedată în 1437, și un frate mai mic, mort la câteva luni după nașterea sa[2].
Mama sa, Parisina, a fost acuzată de adulter cu Ugo d'Este[3], un alt frate al Ginevrei, și condamnată la moarte, ca și Ugo, când Ginevra avea abia șase ani. După cinci ani, Niccolò s-a recăsătorit cu Ricciarda di Saluzzo. Prin această nouă căsătorie a tătălui său, în afară de alți fii ilegitimi ai tatălui, Ginevra a avut alți doi frați vitregi: Ercole și Sigismondo.
Ginevra d'Este a fost prima, dintre cele trei soții ale lui Sigismondo Pandolfo Malatesta (zis și Lupul din Rimini) senior de Rimini. Căsătoria a fost celebrată în februarie 1434[4].
Se pare că Ginevra a fost otrăvită[6] de soțul său care dorea să se căsătorească cu altă femeie, Polissena Sforza.[7]
În 1461, Papa Pius al II-lea l-a acuzat pe Sigismondo Malatesta că le-a asasinat pe cele două soții ale sale, Ginevra și Polissena[8], precum și pe alte persoane, și l-a excomunicat.
^Ugo d'Este, cunoscut și sub numele de Ugo Aldobrandino (1405 – 1425), era fiul lui Niccolò al III-lea d'Este și al amantei acestuia Stella de' Tolomei.
^Polissena Sforza (1428 – 1449) era fiica lui Francesco Sforza și a amantei sale Giovanna d'Acquapendente, cunoscută și sub numele de La Colombina, în românăPorumbița.