La numai 16 ani, Magendie își începe ucenicia în ale medicinei sub îndrumarea lui Alexis Boyer.[7] În 1803, trece examenul perntru interne des hospitaux și intră ca student, efectuându-și practica la spitalul Hôpital Saint-Louis. În 1807 este asistent la anatomie în cadrul institutului de medicină École de Médecine.
Pe 24 mai1808 obține licența în medicină având ca lucrare de doctorat Essai sur les usages du voile de palais avec quelques propositions sur la fracture du cartilage des côtes.
