A absolvit cu titlul de doctor în filosofieUniversitatea din Graz, unde a și lucrat, mai târziu pentru o vreme, ca profesor de filosofie. În anul 1838 s-a mutat la Universitatea din Viena, acolo unde a absolvit cu titlul de doctor în drept. În timpul studiilor, a fost influențat de opera filologului și lingvistului sloven Jernej Kopitar. A abandonat dreptul, pentru ca pentru marea parte din restul vieții sale să și-o dedice studiului limbilor slave.
În 1840, Miklošič a fost numit la catedra nou-creată de filologie slavă a Universității din Viena, pe care a ocupat-o până în anul 1886. A devenit membru al Academiei din Viena, care, de altfel, l-a desemnat secretar al secției istorice și filosofice, membru al consiliului de instruire publică și a senatului și membru corespondent al Academiei franceze de Inscripții și arte frumoase (Académie des Inscriptions et Belles-Lettres).