Înaintea sezonului 2003-2004, jucătorul și antrenorul secund al echipei, Emil Caras, a fost pus antrenor principal. El a dus echipa pe locul 5 în campionatul și până în semifinala Cupei Moldovei, pierdută în fața rivalei Zimbru Chișinău.
În sezonul 2004-2005 Dacia s-a calificat pentru prima oară în Cupa UEFA, după ce a terminat pe locul 3. Din păcate echipa a pierdut finala Cupei Moldovei, după un meci dramatic cu Nistru Otaci. În toamna anului 2005 Dacia a fost eliminată din Cupa UEFA din primul tur de FC Vaduz, pierzând 2-0 în deplasare, dar câștigand acasă cu 1-0. În sezonul următor echipa a terminat pe locul 6, după un sezon nefericit cu multe înfrângeri printre care și semifinala Cupei Moldovei.
Deoarece în sezonul 2006-2007, Dacia a terminat pe locul 4, au jucat în Cupa UEFA Intertoto 2007. În primul tur al cupei, Dacia a învins formația azeră FK Baku la penalty-uri, datorită paradelor portarului Mihai Moraru. În turul următor echipa a reușit încă o calificare, învingând echipa elvețiană St.Gallen. Adversarii echipei în turul 3 au fost cei de la Hamburger SV. La Chișinău scorul a fost 1-1, în timp în Germania scorul a fost 4-0, meciul învârtindu-se în jurul olandezului Rafael van der Vaart. Dacia a fost declarată de FMF cea mai bună echipă din Republica Moldova a anului 2007.
Sezonul 2007-2008 a găsit formația moldoveană pe cea mai bună poziție obținută până atunci. Performanța a fost reușită de noul vice-președinte al clubuui, Timur Kirev, care a găsit investitori ruși. După mijlocul sezonului, echipa a reușit 4 victorii consecutive, datorită cărora a reușit să se mențină la un punct în spatele liderului Sheriff Tiraspol. Dacia a terminat pe locull 2 și s-a calificat pentru preliminariile Cupei UEFA, unde a fost eliminată 4-2 la general de formația sârbăFK Borac Čačak în primul tur.
Dacia a fost vice-campioana și în sezonul 2008-2009, când echipa a pierdut a finala Cupei Moldovei 2-0 în fața Sheriff Tiraspol. În timpul sezonului, antrenorul Emil Caras, a plecat la FC Tiraspol și a fost înlocuit de ucraineanul Roman Pylypchuk. În sezonul următor, Dacia a terminat pe locul 5 și a pierdut din nou finala Cupei Moldovei, tot 2-0 în fața Sheriff Tiraspol. Cu ocazia împlinirii a 10 ani de la fondare, FC Dacia Chișinău pregătește mai multe surprize pentru amatorii fotbalului.Una dintre acestea este lansarea în primă audiție a imnului oficial al clubului Dacia! Piesa, interpretată de membrul formației Catharsis, Ion Rață, a fost lansată miercuri, 13 mai 2009, la ultimul meci de acasă al Daciei.
Imnul Daciei este o compoziție muzicală care vine să ne descrie vitejia și dârzenia poporului dac, calități care sunt caracteristice și fotbaliștilor echipei Dacia Chișinău. Este ca un îndemn pentru jucători ca să dovedească pe teren prin fapte că sunt urmașii demni ai dacilor.
Succesul european
Dacia a început preliminariile din Europa League în fața muntenegrenilor de la FK Zeta, calificându-se datorită golurilor din deplasare. Echipa a fost eliminată în turul următor, după 2-0 la general în fața suedezilor de la Kalmar FF. Înaintea începerii campionatului a fost instalat noul antrenor rus Igor Dobrovolski. Ei au fost neînvinși primele 16 meciuri, până la cel cu Sheriff Tiraspol. Echipa a continuat să fie neînvinsă în restul sezonului, câștigând astfel campionatul pentru prima oară.
Imnul Daciei:
„Protejați de soare, de cerul albastru,
Luptători din fire, cu sufletul curat,
Victoria ni-i crezul din vremile străbune,
Așa suntem noi, DACII, de jos pâ-n la-mpărat.
Măreți sîntem în idealuri,
Bazați sîntem pe un trecut.
Atenție! Atacă lupii galbeni,
Bat goluri în tactică de lupi.
Refren:
La orice vreme și într-o clipă,
Suntem o singură echipă,
Acum de fotbal, iar cîndva,
O țară mare - DACIA!
Pe vînt și pe ploaie, pe soare și ger,
Galben-albaștri, voința-i de fier.
Suporterii strigă: "Victorie vrem,
Lovește mai tare, fii dac în teren!"
Măreți în idealuri,
Bazați pe un trecut,
Atacă lupii galbeni
Cu tactică de lupi.
Refren:
La orice vreme și într-o clipă,
Suntem o singură echipă,
Acum de fotbal, iar cândva,
O țară mare - DACIA!
Text: Iurie Badicu, Ion Rață
Muzică și interpretare: Ion Rață (Catharsis)
În același seon, echipa a semnat un contract cu Școal Sportivă Buiucani pentru a crea echipa a II-a, Dacia Buiucani.
dÎnaintea începerii sezonului 2011-2012, Dacia a câștigat Supercupa Moldovei, învingând Iskra-Stali Rîbnița prin golul nou venitului Vasili Pavlov. În iulie 2011, echipa și-a făcut debutul în UEFA Champions League, unde au fost eliminați în turul 2 de georgieni de la FC Zestafoni. Dacia a câștigat primul meci cu 2-0, dar a pierdut din păcate în Georgia cu 3-0. Dobrovolski a fost înlocuit cu Igor Negrescu în acel sezon, în care echipa a terminat pe locul 2, din nou în spatele Sheriff Tiraspol.
În sezonul 2012-2013 al Europa League, Dacia a învins slovenii de la Celje cu 2-0 la general. În turul 2, echipa a câștigat primul meci cu 1-0 în fața IF Elfsborg, dar a pierdut cu 2-0 al doilea meci și a fost eliminată. În sezonul 2012–2013, echipa a pierdut din nou campionatul, din cauza celor de la Sheriff Tiraspol.
