S-a născut la Frankfurt an der Oder, unde tatăl său preda medicina. În 1702, tatăl preia catedra de medicină de la Leiden (unde va rămâne până la sfârșitul vieții) și întreaga familie se mută acolo.
La 12 ani, Albinus intră la Universitatea din Leiden. Are ca profesori pe Herman Boerhaave și Nikolaus Bidloo[1]