În anul 1976, în contextul venirii la putere a generalului Jorge Videla, Pérez Esquivel a pus bazele unei mișcări de apărare a drepturilor omului și de sprijin pentru familiile victimelor Războiului Murdar. În acest sens a înființat organizația El Servicio de Paz y Justicia, care a servit ca instrument de apărare a drepturilor omului și de denunțare a atrocităților comise de dictatura militară.
Pérez Esquivel a fost arestat în anul 1976 în Ecuador, împreună cu mai mulți episcopi catolici din America Latină. În 1977 a fost reținut la Buenos Aires de Poliția Federală Argentiniană, torturat, arestat fără proces timp de 14 luni.[10]
Pérez Esquivel a fost distins cu Premiul Nobel pentru Pace în 1980 pentru eforturile sale în apărarea drepturile omului. A rămas activ ulterior în sprijinul Mamelor Plaza de Mayo,[11] a popoarelor indigene din Argentina, de ecologia, și împotriva zonei libere de schimb a Americilor.[12]