Durante os últimos anos da Guerra Soviético-Afegã, Varennikov foi o representante pessoal em Cabul do Ministro da Defesa soviético e manteve negociações com os membros da Missão de Bons Ofícios das Nações Unidas no Afeganistão e Paquistão que supervisionaram a retirada do país das tropas soviéticas entre 1988 e 1989. Varennikov continuou a defender a guerra mesmo após a retirada soviética em 1989.[2]
Envolvimento no golpe de agosto
Em 1991, durante a tentativa de golpe de agosto, ele uniu forças contra o líder soviético Mikhail Gorbachev. Após o fracasso do golpe, o general Varennikov foi preso, julgado e processado por traição junto com outros golpistas. Ele foi absolvido pela Suprema Corte da Rússia em 1994, pois o tribunal concluiu que ele apenas cumpriu ordens e agiu "apenas no interesse de preservar e fortalecer seu país". Ele foi o único membro do grupo de conspiradores acusados que se recusou a aceitar uma anistia.[3]