O edifício existente está em vias de classificação pelo IGESPAR.[2] Apesar das intenções da REFER de a demolir, um movimento local de protecção do património — que contou com o apoio da Ordem dos Arquitectos — conseguiu garantir a sua permanência no local original. Em 2002, a Assembleia Municipal de Palmela classificou-a como imóvel de interesse municipal[1].
Perante a polémica, e no decurso da remodelação da estação, previa-se que as vias de circulação fossem construídas com curvas para contornar a torre[3], o que acabou por não acontecer: A torre ergue-se no leito previsto da via VI (que se manteve por completar), desalinhada das plataformas e das vias — comprovando que o projeto original da nova estação previa a sua demolição.[carece de fontes?]
Em finais de 2023, foram anunciadas obras de reformulação da configuração das vias da estação, previstas para o período 2027-2029.[4]
