Numa conversa de Superman e Batman, eles se referem a Magpie, a primeira vilã que os dois enfrentaram juntos na fase pós-Crise dos quadrinhos, na minissérie de 1986 chamada The Man of Steel. Essa referência aparece na graphic novel da qual o desenho animado se baseou. Outra referência feita é sobre a morte do Superman, após a batalha contra Apocalipse.
O governo americano descobre que um grande meteoro de Kriptonita está em rota de colisão com a Terra. Luthor acha que consegue deter a ameaça sozinho e impede que outros heróis interfiram, mas Batman e Superman realizam seus próprios esforços para deterem a ameaça. Lex finge tentar um acordo com Superman, mas o herói acaba tendo que enfrentar o guarda-costas presidencial ciborgue chamado Metallo, que possui no lugar do coração uma pedra de Kriptonita. Depois de uma luta devastadora, Superman é salvo por Batman mas Metallo aparece morto e Lex acusa Superman de ser o assassino. Ele alega em público que a proximidade do meteoro estaria afetando o equilíbrio mental do herói. E logo a seguir estipula um prêmio de 1 bilhão de dólares para quem capturar o Superman e Batman, a quem Luthor acusa de ser o Parceiro de Crime do Homem de Aço.
Vários vilões tentam derrotar Superman e Batman, e depois os heróis que apoiam Luthor também buscam aprisionar a dupla (exceto Poderosa, que é a única da equipe do presidente que sabe da verdade e pretende ajudar a dupla). Porém, quando a tentativa de Luthor de parar o meteoro falha, várias pessoas começam a duvidar da capacidade do presidente. Para Batman e Superman só resta pedirem ajuda ao Homem dos Brinquedos, que possui uma nave preparada para explodir o meteoro.
↑Worley, Rob M. (16 de outubro de 2009). «SUPERMAN/BATMAN 2 On the Way». Mania. Consultado em 21 de maio de 2010. Arquivado do original em 22 de outubro de 2009
