Foi responsável pelo Centro Vocacional São José, em São Raimundo das Mangabeiras; responsável pelo Centro Vocacional Cura D'Ars, em Balsas; coordenador diocesano da Pastoral Vocacional; coordenador diocesano da Pastoral Familiar; membro da coordenação diocesana de Pastoral; vigário geral da Diocese de Balsas (MA); vigário paroquial de Fortaleza dos Nogueiras (MA); reitor do Seminário Maior Dom Oscar Romero (1999-2004); presidente da OSIB Regional Nordeste 5 (2001-2003); professor e coordenador do Curso de Teologia no Instituto de Estudos Superiores do Maranhão (IESMA).
Dom Sebastião assumiu várias responsabilidades na Arquidiocese de Manaus e no Regional Norte I da CNBB. Era o responsável pelos municípios de Careiro da Várzea, Careiro Castanho, Iranduba, Manaquiri, Novo Airão, Presidente Figueiredo e Rio Preto da Eva; pela formação nos Seminários Bom Pastor e São José e no Instituto de Teologia e Pastoral de Ensino Superior da Amazônia-ITEPES; assessorou a Pastoral Carcerária Arquidiocesana; acompanhou a Pastoral da Juventude Arquidiocesana; Secretário do Regional Norte I da CNBB e acompanhou a Dimensão Bíblico-Catequética do Regional Norte I.
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