No local da atual igreja (Dominikonų St. 12), uma igreja gótica de nave única foi construída no século XV e chamada de Igreja da Santíssima Trindade. Foi reconstruída após os incêndios de 1748 e 1749: um novo presbitério e duas torres foram construídas, e no lugar de uma abside gótica foi erguido um novo portal. A igreja pertencia à universidade; um de seus reitores foi o reitor da universidade, o astrônomo jesuíta Marcin Odlanicki Poczobutt. As autoridades czaristas a converteram em uma igreja ortodoxa russa em 1821, mas em 1920 ela foi devolvida aos católicos. Na época soviética, a igreja foi abandonada. No Domingo da Divina Misericórdia, 18 de abril de 2004, sob os cuidados do CardealAudrys Bačkis, a igreja foi restaurada, abençoada e recebeu o título de Santuário da Divina Misericórdia. A igreja foi adaptada para a exibição da Imagem original de Jesus Misericordioso, pintada de acordo com a visão de SantaFaustina Kowalska pelo artista Eugeniusz Kazimirowski em 1934. O Santuário também é decorado com duas esgrafitos feitas por Nijole Vilutytė: a Virgem da Misericórdia do Portão de Dawn e a oração Jesus, eu confio em Vós em onze línguas.[2][3]
