Os desfiles do grupo especial foram realizados entre os dias 20 e 27 de fevereiro de 2009 no sambódromo do Anhembi. Mocidade Alegre conquistou seu sétimo título de campeã, sendo o terceiro em cinco anos, com um desfile sobre o coração. O enredo "Da Chama da Razão ao Palco das Emoções... Sou Máquina, Sou Vida... Sou Coração Pulsando Forte na Avenida" foi assinado pelos carnavalescos Fábio Lima, Flávio Campello, Márcio Gonçalves e Sidnei França, que venceram pela primeira vez. Campeã no ano anterior, o Vai-Vai ficou com o vice-campeonato por apenas 0,25 de diferença com um desfile sobre a saúde. Assim como no ano anterior, a definição do título foi na última nota, mas em situações invertidas: a Mocidade recebeu 9,75 da última julgadora, mas ficou com o título após o Vai-Vai tirar uma nota menor (9,50). Após a apuração, Juarez da Cruz, fundador da Mocidade, passou mal e teve de ser internado em um hospital no bairro da Liberdade, onde faleceria em 3 de março.[2]
Terceira colocada, o Rosas de Ouro fez um desfile sobre personagens que constroem a magia do carnaval. Gaviões da Fiel se classificou em quarto falando sobre a roda, enquanto o Império de Casa Verde ficou com a quinta e última vaga do Especial para o Desfile das Campeãs com um enredo sobre seus 15 anos de fundação. Após 61 anos consecutivos na elite do carnaval, a Nenê de Vila Matilde foi rebaixada ao Grupo de Acesso. Recém-promovida ao Grupo Especial, a Unidos do Peruche também foi rebaixada à segunda divisão. Águia de Ouro venceu o Grupo de Acesso e foi promovida para o Grupo Especial junto da vice-campeã, Imperador do Ipiranga. Uirapuru da Mooca venceu o Grupo 1 e foi promovida à segunda divisão junto com a vice-campeã Flor de Lis da Zona Sul.
Foi o primeiro ano em que os desfiles do Anhembi foram geridos por duas ligas. Após o carnaval de 2008, nove escolas se desfiliam da Liga Independente das Escolas de Samba de São Paulo e criam a Super Liga das Escolas de Samba de São Paulo. Inicialmente, se especulou a criação de um campeonato paralelo, com as escolas da SuperLiga desfilando em datas diferentes das escolas da LigaSP,[3] mas as duas entidades decidiram manter apenas uma única competição.
Mapa de notas
Abaixo o mapa de notas da apuração do Grupo Especial: