Seu pai, um homem muito inteligente, era o filho favorito do rei Carlos III, mas ele e sua esposa morreram em 1788 de varíola. O rei Carlos III também morreu no mesmo ano; seu sucessor Carlos IV de Espanha mandou a criança para Portugal, a pedido de sua avó, a Rainha Maria I de Portugal. Dona Maria I estava preocupada com a sucessão de Bragança e D. Pedro Carlos era então seu único neto. Foi criado por Dona Maria I, que o criou Infante de Portugal.
D. Pedro Carlos herdou uma grande fortuna do pai e foi recebido em Portugal. Em 1792 sua avó foi oficialmente declarada mentalmente incapaz e seu filho João, tio de Pedro Carlos, tornou-se regente de Portugal.
Em 1807, a França invadiu Portugal e a família real mudou-se para o Brasil, incluindo D. Pedro Carlos. Partiram no dia 29 de novembro a bordo do Príncipe Real.
