Suas ideias já lhe custaram o emprego de professor universitário, entre outros problemas. Em 23 de maio de 2008, Finkelstein foi impedido de entrar em Israel por supeitas de que tivesse contato com "elementos hostis a Israel". Na sua chegada ao Aeroporto Internacional Ben Gurion, perto de Tel Aviv, Finkelstein foi interrogado e mandado de volta a Amsterdam, seu ponto de origem. Segundo funcionários da imigração, a decisão de deportar Finkelstein estava relacionada com suas "opiniões antissionistas" e críticas ao governo israelense.[1] Ele foi proibido de entrar em Israel nos próximos 10 anos.[2]
Sua tese de doutorado é uma crítica meticulosa e severa do best seller publicado em 1984, From Time Immemorial, da norte-americana Joan Peters, livro que, segundo Finkelstein, reforça mito do "deserto" no qual os primeiros colonos israelenses se instalaram. Finkelstein denuncia as generalizações precipitadas e as acusações de antissemitismo proferidas por certas organizações judaicas contra os que se opõem à política do Estado de Israel.
Em novembro de 2006, publicou "Peace, Not Apartheid", uma crítica detalhada e, no geral, favorável ao livro de Jimmy CarterPalestine: Peace Not Apartheid, embora apontando alguns erros históricos..[7] Quando o livro de Carter tornou-se um best-seller, sofreu numerosos ataques de partidários da política israelense. Finkelstein publica então The Ludicrous Attacks on Jimmy Carter's Book , uma crítica às críticas do livro de Jimmy Carter.[8]
Em 2005, publicou Beyond Chutzpah: On the Misuse of Anti-Semitism and the Abuse of History ('Além de Chutzpah: o mau uso do antissemitismo e o abuso da história'), no qual critica o livro The Case for Israel do professor de direito de Harvard, Alan Dershowitz, qualificando-o de "embuste universitário".
Dershowitz ameaçou o editor de Beyond Chutzpah de processá-lo por difamação. Também pediu publicamente à Universidade DePaul que recusasse a indicação de Finkelstein como professor.[9]
Por meio de uma carta do seu presidente Dennis Holtschneider, a Universidade DePaul de Chicago confirmou a rejeição de sua candidatura a professor titular de Ciência Política.[10] A comissão de atribuição reprovou a alegação do conselho de faculdades.[11]
Em 5 de setembro de 2007, a universidade proibiu-o de ensinar e exigiu que ele liberasse seu escritório..[12] Finkelstein pediu demissão. No dia seguinte, a universidade emitiu um comunicado, declarando-o um cientista prolífico e um professor excepcional. Seu adversário, o professor de direito de Harvard, Alan Dershowitz, rebateu: "A declaração de que Finkelstein é um cientista é simplesmente falsa; o que ele faz é propaganda.".[13] Finkelstein, por sua vez, sustenta que foi obrigado a recusar o posto de professor em razão de pressões de fora da universidade.
1987: From the Jewish Question to the Jewish State: An Essay on the Theory of Zionism, thesis, Princeton University.
1995; 2001; 2003: Image and Reality of the Israel-Palestine Conflict, Verso, ISBN 1-85984-442-1
1996: The Rise and Fall of Palestine: A Personal Account of the Intifada Years. Minneapolis: U of Minnesota P, ISBN 0-8166-2859-9.
1998: A Nation on Trial: The Goldhagen Thesis and Historical Truth (com Ruth Bettina Birn) Henry Holt and Co., ISBN 0-8050-5872-9.
2000; 2001; 2003: The Holocaust Industry: Reflections on the Exploitation of Jewish Suffering, Verso, ISBN 1-85984-488-X.
2005: Beyond Chutzpah: On the Misuse of Anti-Semitism and the Abuse of History. U of California P, ISBN 0-520-24598-9. 2nd updated edition, U of Cal. P. June 2008, ISBN 0-520-24989-5, com apêndice escrito por Frank J. Menetrez, Dershowitz vs Finkelstein. Who's Right and Who's Wrong?, p. 363-394, [1]
Disinformation and the Palestine Question: The Not-So-Strange Case of Joan Peter's "From Time Immemorial." in Blaming the Victims: Spurious Scholarship and the Palestinian Question. Ed. Edward W. Said e Christopher Hitchens. Verso Press, 1988. ISBN 0-86091-887-4. Chapter Two, Part One:
Peace process or peace panic?. - The scourge of Palestinian moderation, Middle East Report, 19 (1989) 3/158, pp. 25–26,28-30,42
Zionist orientations, Scandinavian Journal of Development Alternatives. Stockholm. 9 (March 1990) 1. p. 41-69
Bayt Sahur in year II of the intifada. - A personal account, Journal of Palestine Studies. Berkeley/Cal. 19 (Winter 1990) 2/74.p. 62-74
Israel and Iraq. - A double standard, Journal of Palestine Studies. Berkeley/Cal. 20 (1991) 2/78. p. 43-56
Reflections on Palestinian attitudes during the Gulf war, Journal of Palestine Studies, 21 (1992) 3/83, p. 54-70
Réflexions sur la responsabilité de l´État et du citoyen dans le conflit arabo-israélien in Ed. L'Harmattan, L' homme et la société, 1994, 114, S. 37-50
Whither the `peace process'?, New Left Review, (1996) 218, p. 138
Securing occupation: The real meaning of the Wye River Memorandum, New Left Review, (1998) 232, p. 128-139
Lessons of Holocaust compensation, in Palestinian Refugees: The Right of Return. Ed. Naseer Aruri. Pluto Press, 2001, S. 272-275. ISBN 0-7453-1776-6.
Abba Eban with Footnotes, Journal of Palestine studies, Calif.: University of California Press, vol 32. (2003), p. 74-89
2003: 'The Holocaust Industry, Second Edition, Verso, ISBN 1-85984-488-X
Prospects for Ending the Occupation, Antipode, 35 (2003) 5, p. 839-845
The Camp David II negotiations. - how Dennis Ross proved the Palestinians aborted the peace process, Journal of Palestine Studies, vol. 36 (2007), p. 39-53
Livros traduzidos em português
Imagem e realidade do conflito Israel-Palestina. Record, 2005. ISBN 850106775X