Formado em 29 de Setembro de 1941 em Stade a partir do Stab/ZG 26. Serviu sob comando do 1. Nachtjagddivision, Maio de 1942 e 2. Jagddivision. Inicialmente era equipada com os aviões Bf 110 e mais tarde em 1943 Ju 88C e a partir da metade de 1944 com Ju 88G.
I. Gruppe
Gruppenkommandeure
Hptm Günther Radusch, 7 de Outubro de 1940 - 2 de Outubro de 1941
Em 1 de Novembro de 1942 o pessoal foi transferido para o 11./NJG3. Em 25 de Fevereiro de 1945 o Gruppe foi dispensado e foi absorvido pelo NSGr.30.
Um novo 4./NJG3 foi formado em 1 de Março de 1945 em Kjevik a partir do Nachtjagdstaffel Norwegen, permanecendo lá até o final da guerra, sob Jagdfliegerführer Norwegen (com Ju 88G e He 219).
III. Gruppe
Gruppenkommandeure
Obstlt Heinz Nacke, 1 de Novembro de 1941 - 21 de Abril de 1943
Hptm Walter Mylius, 22 de Abril de 1943 - 14 de Agosto de 1943
Hptm Rudolf Sigmund, 31 de Agosto de 1943 - 3 de Outubro de 1943
Maj Walter Barthe, 15 de Outubro de 1943 - 8 de Maio de 1945
Formado em 1 de Novembro de 1941 em Stade a partir do II./ZG 76 com:
Stab III./NJG3 a partir do Stab II./ZG76
7./NJG3 a partir do 4./ZG76
8./NJG3 a partir do 5./ZG76
9./NJG3 a partir do 6./ZG76
Em Dezembro de 1942 o 7./NJG3 se tornou 4./NJG 5. Logo em seguida o 7./NJG foi reformado em Agosto de 1943.
Em 30 de Março de 1945 foi reduzido para 7./NJG3, quando o Stab III, 8. e 9./NJG3 foram dispensados.
IV. Gruppe
Gruppenkommandeure
Maj Erich Simon, 1 de Novembro de 1942 - 7 de Outubro de 1943
Hptm Albert Schulz, 8 de Outubro de 1943 - Janeiro de 1944
Hptm Heinz Ferger, Julho de 1944 - Novembro de 1944
Maj Berthold Ney, Novembro de 1944 - 4 de Março de 1945
Hptm Friedrich Tober, 5 de Março de 1945 - 8 de Maio de 1945
Formado em Novembro de 1942 em Grove a partir de partes do Stab III./NJG 2 com:
Stab IV./NJG3 novo
10./NJG3 a partir do 1./NJG2
11./NJG3 a partir do 9./NJG2
12./NJG3 novo
O 11./NJG3 foi dispensado em Abril de 1944, sendo reformado em Agosto de 1944.
Em 30 de Outubro de 1944 IV./NJG3 foi redesignado III./NJG 2 com:
Stab IV./NJG3 se tornou Stab III./NJG2
10./NJG3 se tornou 7./NJG2
11./NJG3 se tornou 8./NJG2
12./NJG3 se tornou 9./NJG2
Logo em seguida um novo IV./NJG3 foi formado a partir do velho III./NJG 2 com:
Stab IV./NJG3 a partir do Stab III./NJG2
10./NJG3 a partir do 7./NJG2
11./NJG3 a partir do 8./NJG2
12./NJG3 a partir do 9./NJG2
Foi reduzido para 10./NJG3 em 30 de Março de 1945, quando o Stab IV., 11. e 12./NJG3 foram dispensados.
Erg.Staffel
Formado em 1941 em Vechta. Também era chamado 1.(Erg.)/NJG3. Acabou sendo dispensado em Dezembro de 1942.
Schulstaffel
Formado em Junho de 1944 em Grove/Dinamarca (durante Junho de 1944 - Julho de 1944 ficou conhecido como Ausb.Lehrgang NJG3). Absorvido pelo 4./NJG7 em Novembro de 1944.
Em Dezembro de 1944 foi redesignado 16./NJG3, tornando-se em 1 de Janeiro de 1945 Stabsstaffel/NJG3.