Ex Agente (Chefe Gibbs durante a transição do NIS para NCIS)
Ep.23
Episódios
A terceira temporada de NCIS iniciou-se ainda sob o impacto da morte da Agente Caitlin "Kate" Todd, e teve a inclusão de duas novas personagens, a nova Diretora Jenny Shepard e a Agente de Ligação do Mossad Ziva David, que assume a vaga de Kate na equipe por determinação da nova Diretora, contra a vontade de Gibbs. No entanto, após o desagrado inicial ele passa a aceitar a nova Agente.
Nesta temporada detalhes do passado de Gibbs começam a ser revelados, entre estes o fato de ele já ter tido uma família (esposa e filha), e também é apresentado seu antigo mentor, o Agente aposentado Mike Franks. Ao final da temporada, Gibbs surpreendentemente demite-se do NCIS e designa DiNozzo como novo chefe da equipe.
Depois do ataque terrorista, a equipe da NCIS fica chocada e tenta lidar com a repentina morte de Kate, cada um a seu modo. Agora a missão é coletar todas as provas possíveis sobre Ari e descobrir um modo de impedi-lo antes que ele cause mais perdas. Ziva David não acredita que Ari seja o atirador que matou Kate. Enquanto se sente culpado pela morte de Kate, Gibbs é informado que o diretor da NCIS está saindo do cargo, e a substituta é Jenny Shepard, uma mulher que trabalhou com Gibbs no passado e que tiveram um caso.
Recurring characters: Pancho Demmings como Gerald Jackson e Rudolf Martin como Ari Haswari. Primeira aparição de: Jenny Shepard e Ziva David.
Ainda abalado com a morte de Kate, Gibbs fica ainda pior quando Ari sequestra Ducky e decide brincar com a mente dele. Gibbs manda Tony acompanhar Ziva, e depois que Jenny e Gibbs quase são assassinados, ele fica ainda mais determinado a acabar de uma vez por todas com Ari, e é revelado a estranha conexão de Ziva com Ari será a ajuda que ele precisa.
Gibbs precisa falar com um condenado que está prestes a ser executado para descobrir informações sobre o lugar onde ele escondeu as vítimas, mas quando o plano não funciona, a equipe precisa resolver o caso do jeito deles.
Personagem recorrente: Jessica Steen como Paula Cassidy.
Quando o corpo de um homem é encontrado dentro de uma tumba que veio da Guerra Civil, a equipe descobre que a vítima, um sargento, foi queimado vivo. Durante a investigação, Abby rastreia a última ligação da vítima. Enquanto isso, Gibbs é informado por seu novo chefe Jenny Sheppard de que a agente Ziva David agora é integrante fixa da equipe como Oficial de ligação do Mossad.
Quando um suboficial é baleado na estrada, a equipe da NCIS assume a investigação. Ao descobrirem que a vítima estava levando uma vida dupla, os investigadores chegam à uma possível solução do crime. No entanto, uma mensagem da vítima é encontrada e os leva para um caminho totalmente diferente.
A equipe NCIS trabalha em um caso bastante incomum. A investigação revela que duas esposas exploram um site de sexo ao vivo e agora as duas estão desaparecidas. Enquanto procuram por elas, a equipe vai tentar localizar o webmaster para resolver o caso.
Quando um garoto de 6 anos de idade avisa aos NCIS que seu pai foi sequestrado, acabam descobrindo que o pai desaparecido é um Tenente trabalhando em um projeto secreto chamado "Honra" e que ele é o único que possui o código para abertura do projeto.
Quando os corpos de dois assassinos de aluguel são entregues a equipe NCIS, Ziva e Tony agem disfarçados assumindo a identidade dos mortos na tentativa de descobrir quem contratou os assassinos.
Personagem recorrente: Joe Spano como Agente do FBI Fornell.
Tony é acusado de matar uma mulher cujo corpo foi encontrado no Quântico, e a equipe precisa provar sua inocência, mas todas as evidências apontam que Tony é realmente culpado.
Personagem recorrente: Joe Spano como Agente do FBI Fornell.
Em serviço, McGee mata um homem que mais tarde ele descobre ser um policial disfarçado. Quando Jenny decide aprovar a investição a McGee, os NCIS são forçados a provar que McGee não é culpado. Enquanto isso, Tony esta encrencado por conta de seu passado.
Durante a filmagem de um reality show em uma base da Marinha, uma modelo morre e os NCIS precisam descobrir quem é o assassino. Eles descobrem um quadrilátero amoroso entre a modelo e três homens, todos suspeitos.
Durante uma investigação em um estaleiro, procurando por armas contrabandeadas, Tony e Ziva desaparecem e fica a cargo do NCIS encontra-los. Abby tenta localiza-los utilizando os chips GPS deles, mas ao que parece estão fora do alcance.
Quando um comandante encarregado de um carregamento de combustível para um usina nuclear desaparece, os NCIS são chamados. A equipe precisa resolver o caso em pleno domingo, antes que o sequestrador descubra a localização secreta de usina nuclear.
Quando as esposas de dois fuzileiros navais são assassinadas, Gibbs e a equipe são chamados para investigar esse caso. A equipe trabalha unida para encontrar o assassino e proteger outra mulher e seu bebê recém-nascido, que eles temem serem os próximos alvos.
Enquanto investiga um desmonte de carros, a equipe NCIS esbarra com a cabeça de um Marine, escondida em um dos carros do desmonte. Quando encontram os possíveis suspeitos, a equipe vai precisar encontrar o resto do corpo para descobrir quem foi o assassino.
A equipe investiga a misteriosa explosão de uma ambulância que supostamente estava transportando o corpo de um fuzileiro naval que morreu num acidente de carro. Enquanto a equipe trabalha para confirmar a identidade do corpo do fuzileiro naval, eles descobrem que a ambulância foi sabotada para explodir e que o DNA da vítima não combina com o falecido fuzileiro naval. Gibbs descobre que a família do soldado desaparecido está escondendo um segredo.
Quando a medalha de identificação de um Marine é encontrado em uma parque nacional, os NCIS são chamados para investigar. Enquanto vasculham a área em busca do Marine, a equipe descobre que outra pessoa estava com ele, provavelmente uma mulher.
Os NCIS precisam impedir que um adolescente Kody Meyers (Michael Welch) detone uma bomba amarrada ao seu corpo, enquanto ele tem outros estudantes como reféns. Gibbs tenta impedi-lo e é então que ele percebe que alguém está controlando o estudande.
Gibbs e a equipe são chamados quando uma criptógrafa do Pentágono suspeita de espionagem aparentemente comete suicídio. Com a principal suspeita deles morta, a equipe do NCIS terá que descobrir se ela realmente era a traidora do Pentágono. Agora investigando um potencial assassinato, Gibbs e a equipe seguem as pistas deixadas para trás para encontrar o assassino dela e expor do traidor.
Gibbs e a equipe ficam em alerta quando Abby se torna o alvo de um perseguidor. Após descobrir que a terrível cena de um crime foi encenada, a equipe descobre que o alvo era Abby quando algumas evidências contaminam o laboratório dela quase matando-a.
A equipe precisa proteger Ziva quando um suspeito morre em sua custódia. As coisas ficam bem mais complicadas quando o irmão do suspeito sequestra Jenny, e exige a liberdade de seu irmão em troca de Jenny, sem saber que seu irmão está na verdade morto.
Personagem recorrente: Tamara Taylor como Agente Especial do NCIS Cassie Yates
Enquanto trabalha em uma missão, Gibbs é seriamente ferido em uma explosão e é levado para o hospital, onde ele relembra seu passado doloroso, onde ele sempre estava se escondendo dos outros. O restante do time deve continuar as investigações e esquecer o que aconteceu com Gibbs. Tony assume o comando, o que pode causar alguns problemas.
Os NCIS precisam cumprir uma tarefa contra terroristas sem a ajuda de Gibbs, que ainda se recupera da explosão. Gibbs precisa lutar com sua perda de memória e com as lembranças de sua mulher e filha, enquanto recebe a visita de seu mentor e antigo chefe.
Personagem recorrente:Muse Watson como Mike Franks.
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