Após a tentativa de assassinato do Papa, ele começou a cumprir pena em uma prisão na Itália. Dezenove anos depois, ele foi visitado por João Paulo II e então decidiu se converter ao catolicismo. Logo depois, ele foi deportado para a Turquia, onde cumpriu mais dez anos na cadeia. Ele foi solto em 18 de janeiro de 2010.[2] Ağca se descreveu como um mercenário sem afiliações políticas, embora se acredite que tenha feito parte do grupo ultranacionalista turco Lobos Cinzentos.[3]
Em 27 de dezembro de 2014, trinta e três anos após o crime, Mehmet Ali Ağca voltou ao Vaticano e depositou rosas na tumba do Papa João Paulo II.[4][5]