A sua mãe preferia o seu irmão mais velho, José, e as suas irmãs mais velhas. Ela descreveu Amália como vivaz e orgulhosa. Maria Teresa comparava-a constantemente às suas irmãs mais velhas, o que resultou numa relação afastada entre mãe e filha para o resto das suas vidas.
Ela tinha talento para a pintura e um dos seus trabalhos, Santa Teresa e o menino Jesus, ainda existe hoje, estando nas mãos de um colecionador privado. Também tinha talento para a música (principalmente para o soprano) e os poeta da Corte de Viena escreveu vários versos sobre a sua voz encantadora e figura angelical.
Quando tinha 22 anos, Maria Amália queria casar-se com o jovem, bonito e inteligente príncipe Carlos de Zweibrücken, que frequentava a corte de Viena e tinha pedido pela mão dela em casamento. Contudo, Maria Teresa e o seu ministro Kauntiz consideraram que a união não seria boa o suficiente para uma arquiduquesa. O príncipe estava destinado a governar o Ducado de Zweibrucken e, apesar de ter direitos sobre a Baviera e o Eleitorado do Palatinado através de um primo distante, nunca conseguiu herdar estes territórios.
Além disso, a Áustria tinha planos para adquirir a Baviera quando o seu príncipe-eleitor, Maximiliano III José, morresse e como Carlos o podia herdar do seu primo Wittelsbach distante (estava na linha de sucessão depois de Clemente, Duque da Baviera e Carlos Teodoro do Palatinado que não tinham filhos), foi decidido que este casamento seria uma má estratégia política, tendo em conta os planos que tinham mais tarde para a Baviera. Além disso, eles já tinham planos para casar Maria Amália ou com o rei de Nápoles ou com o duque de Parma para fortalecer os laços com os Bourbon e a influência austríaca na Itália. Após ver o seu pedido rejeitado, Carlos deixou para sempre Viena, revoltado contra Maria Teresa e a Áustria.
Deixou a Áustria no dia 1 de julho de 1769 acompanhada pelo seu irmão José e casou-se com Fernando no dia 19 de julho no Palácio Ducal de Colorno. Uma vez em Parma, Maria Amália começou a interferir com a política do estado, a principio com o total apoio e conselhos da mãe, Maria Teresa. A imperatriz acreditava que a sua filha precisava de ser activa na política, mas apenas como uma ajuda para Fernando. Mesmo assim, existem provas de que Maria Teresa pretendia colocar Parma sob influência austríaca, pelo que também se pode concluir que Amália estava apenas a cumprir os desejos da mãe, quer ela aprovasse o modo como ela o fez ou não.
A corte de Parma recebia apoio financeiro e político de França e Espanha que queriam ambos controlar o ducado. Contudo, a nova duquesa queria substituir esta influência franco-espanhola pela austríaca. Na altura o seu marido não estava interessado em governar o ducado e preferia dedicar-se aos seus divertimentos privados. Dado o seu gosto natural por poder e a sua natureza dominadora, Maria Amália começou a interferir em assuntos políticos. O ministro, Du Tillot, tinha muitos inimigos e muitas pessoas em Parma viam na duquesa capacidade para escolher os ministros certos.
Maria Amália e Du Tillot também não se davam bem. Dois anos depois da sua chegada a Parma, ela conseguiu despedi-lo e substituí-lo por um nomeado espanhol, José del Llano, altamente recomendado pelo rei Carlos III de Espanha. Ao contrário do que a população acreditava, Fernando também não gostava de Du Tillot e os dois já tinham cortado relações antes da sua esposa chegar a Parma. Uma carta de Luís XV para o seu neto escrita em maio de 1769 prova este facto, uma vez que o rei de França o aconselhava a não desprezar o ministro que tinha servido tão bem os seus pais. Além disso, de acordo com o rei, não havia ninguém bom o suficiente para o substituir. Vale a pena referir que, apesar de ser governado por um Bourbon espanhol, Parma era um ducado soberano e, nesta altura, Fernando também se começava a revoltar contra tudo o que tinha sido forçado a aceitar e que nunca tinha estado de acordo com as suas crenças.
Fernando acabaria por dispensar Del Llano em 1772, substituindo-o por um ministro escolhido por si. Suspeita-se que Amália esteve por detrás da dispensa, mas não existem provas disso. Nesta altura, a Áustria, a França e a Espanha quebraram os seus laços com Parma. As relações cordiais foram reestabelecidas aquando do nascimento do primeiro filho de Fernando e Amália, Luís, no ano seguinte. A França e a Espanha aproveitaram a reconciliação para salientar aquilo que achavam ser desordens no ducado, mas nenhum dos dois países voltaria a ter a mesma influência nos anos de reinado que restavam a Fernando.
Amália permaneceria afastada da sua mãe excepto durante a sua breve reconciliação após o nascimento do filho, mesmo apesar das tentativas de Maria Teresa em restabelecer uma boa relação com a filha. A Duquesa resistiu aos esforços da mãe para a controlar a partir da Áustria. Quando a sua irmã, a arquiduquesa Maria Cristina, conhecida na família por Marie ou Mimi, visitou Parma em 1775, contou à mãe que Amália tinha perdido grande parte da sua beleza e glamour e estava também menos alegre. Mesmo assim, Mimi era conhecida pela sua língua afiada, criticismo e talento para criar problemas para os seus irmãos. Contudo, por muito afastadas que estivessem, Maria Teresa encomendou um retrato dos seus netos de Parma a Johann Zoffany. Mais tarde Amália e o seu marido iriam entender-se muito melhor. Apesar dos escândalos iniciais e inconsistências no casamento, os seus súbditos viam-na com bons olhos uma vez que se dizia que ela tinha um bom coração e era corajosa.
Maria Amália permaneceu em contacto com as suas irmãs, Maria Antonieta e Maria Carolina, durante a maior parte das suas vidas de casadas. As três irmãs trocavam cartas, retratos e presentes. De facto, uma das últimas cartas de Maria Antonieta durante a sua prisão foi escrita para Maria Amália e teve de ser enviada em segredo. Maria Amália também chamou a sua segunda filha em honra de Maria Antonieta. Depois da execução dos reis de França, Maria Amália passou a odiar profundamente a França e os revolucionários.
Quando Napoleão Bonaparte invadiu a Itália e o seu marido morreu, Maria Amália foi nomeada Chefe do Concelho de Regência em Parma quando Fernando estava já no seu leito de morte (suspeita-se que terá sido envenenado), mas a regência só durou alguns dias. No dia 22 de outubro de 1802 os franceses expulsaram-na de Parma e ela mudou-se para o Castelo de Praga, onde morreu em 1804. Foi a única filha de Maria Teresa a viver neste castelo.
O seu corpo foi enterrado na cripta real da Catedral de São Vito em Praga e o seu coração foi enviado para Viena e colocado dentro da urna número 33 na cripta dos corações da família.
Maria Antónia, Eleitora da Baviera·Arquiduquesa Maria Ana·Arquiduquesa Cristina·Maria Isabel da Áustria (1680)·Arquiduquesa Maria Isabel·Maria Ana, Rainha de Portugal·Arquiduquesa Maria Teresa da Áustria (1684)·Arquiduquesa Maria Teresa·Arquiduquesa Maria Josefa·Maria Madalena de Áustria·Arquiduquesa Maria Madalena·Arquiduquesa Maria Margarida
Isabel Maria, Princesa de Windisch-Graetz·Helena, Duquesa Filipe de Württemberg**·Rosa, Duquesa Württemberg**·Arquiduquesa Dolores**·Maria Imaculada, Nobile Inigo Neri Sereneri**·Margarida, Marquesa Taliani di Marchio**·Princesa Maria Antónia, Sra. Luis Pérez**·Arquiduquesa Assunta, Sra. Joseph Hopfinger**·Isabel, Condessa de Waldburg-Zeil**·Hedviges, Condessa de Stolberg-Stolberg**·Gertrudes, Condessa de Waldburg-Zeil-Trauchburg**·Arquiduquesa Maria Isabel**·Arquiduquesa Inês**·Arquiduquesa Margarida, Sra. Alexander Cech·Helena, Duquesa de Meclemburgo·Arquiduquesa Ana Teresa·Arquiduquesa Maria Kynga, Sra. Joachim Krist
16ª Geração
Arquiduquesa Adelaide·Carlota, Duquesa de Mecklenburg·Isabel, Princesa Henrique do Liechenstein·Isabel, Nobre Hubert von Braun**·Alice, Baronesa Vittorio Manno**·Maria Antonieta, Baronesa de Proff in Irnich**·Arquiduquesa Marie Cristina**·Arquiduquesa Walburga, Sra. Carlos Tasso**·Arquiduquesa Verena**·Arquiduquesa Catarina, Sra. Roland Huber**·Inês, Baronesa Peter de Fürstenberg**·Maria Ileana, Condessa Adam Kottulinski**·Alexandra, Baronesa Viktor de Baillou**·Maria Madalena, Baronesa de Holzhausen**·Arquiduquesa Isabel, Sra. Friedrich Sandhofer**·Inês, Princesa Carlos Alfredo do Liechenstein**·Arquiduquesa Maria Margarida**·Arquiduquesa Ludovica**·Arquiduquesa Alice**·Josefa, Condessa Clemens de Waldstein-Wartenberg**·Valéria, Margravina de Baden**·Alberta, Baronesa Alexander de Kottwitz-Erdödy**·Teresa, Princesa Rasso da Baviera**·Maria Imaculada, Condessa Reinhart de Hoensbroech**·Arquiduquesa Mónica, Sra. Charles de Rambures·Arquiduquesa Maria Cristina, Sra. Raymond van der Meide·Arquiduquesa Maria, Sra. Wilhelm de Witt·Margarida, Condessa Benedikt of Piatti
17ª Geração
Andreia, Condessa hereditária de Neipperg·Mônica, Duquesa de Santángelo·Micaela, Condessa Hubertus de Kageneck·Arquiduquesa Gabriela, Sra. Christian Meister·Walburga, Condessa Archibald Douglas·Maria Beatriz, Condessa Riprand de Arco-Zinneberg***·Isabel, Condessa Andrea Czarnocki-Lucheschi***·Maria del Pilar, Nobre Vollrad-Joachim von Poschinger·Kinga, Baroneas Wolfgang de Erffa·Arquiduquesa Marie Adelaide, Sra. Jaime Corcuerra·Arquiduquesa Viridis, Sra. Karl Dunning-Gribble·Arquiduquesa Alexandra, Sra. Héctor Riesle·Maria Constança, Princesa de Auersperg-Trautson·Maria Ana, Princesa Peter Galitzine·Catarina, Condessa Maximiliano Secco d'Aragona·Arquiduquesa Isabel, Sra. James Litchfield·Sofia, Princesa de Windisch-Grätz·Arquiduquesa Maria Cristina, Sra. Clemens Guggenberg·Arquiduquesa Maria Bernardete, Sra. Rupert Wolff**·Arquiduquesa Catarina, Sra. Niall Brooks**·Arquiduquesa Alicia**·Arquiduquesa Maria Cristina**·Arquiduquesa Margarida, Sra. Andreas Baumgartner**·Arquiduquesa Maria Valéria, Sra. Martin Josef Wagner**·Arquiduquesa Hedviges**·Arquiduquesa Verónica**·Arquiduquesa Joana·Arquiduquesa Isabel·Arquiduquesa Celina·Arquiduquesa Maria Floriana·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Ana Carolina·Arquiduquesa Teresa·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Ladislaya
18ª Geração
Arquiduquesa Leonor·Arquiduquesa Glória·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Hilda·Arquiduquesa Maria Laura***·Arquiduquesa Luísa Maria***·Arquiduquesa Letícia Maria***·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Maria Teresa·Arquiduquesa Margarida·Arquiduquesa Priscilla·Arquiduquesa Maria das Neves·Maria Cristina, Condessa Rodolphe de Limburg-Stirum·Arquiduquesa Gabriela·Arquiduquesa Antónia·Arquiduquesa Isabel·Arquiduquesa Carlota·Arquiduquesa Paulina·Arquiduquesa Lara·Arquiduquesa Tatiana**·Arquiduquesa Anabela**·Arquiduquesa Tara**
19ª Geração
Arquiduquesa Zita·Arquiduquesa Anežka
também infanta de Espanha *também princesa da Toscânia **também princesa da Modena