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A Indonésia ocupa a maior parte do Arquipélago Malaio e chega até a Melanésia. O país tem 17 508 ilhas, das quais cerca de 6 000 são habitadas. Se consideradas as ilhas temporárias (periodicamente submersas devido à maré), o número total de ilhas dobra, muitas sem nome ou com nomes idênticos aos de ilhas permanentes. Devido ao fato de que grande parte da Indonésia apresenta atividade sísmica, as ilhas continuam a evoluir em número, dimensões e forma.

As ilhas da Indonésia podem ser agrupadas em:

Grandes Ilhas de Sonda (de oeste para leste, Sumatra, Java, Bornéu e Celebes, bem como ilhas menores adjacentes; Indonésia divide a ilha de Bornéu com Brunei e Malásia);
Pequenas Ilhas de Sonda (Bali, Flores, Komodo, Timor e outras; a Indonésia divide a ilha de Timor com Timor-Leste);
Molucas (Ternate, Amboina, Halmaera e outras); e
Nova Guiné (Indonésia divide-a com a Papua-Nova Guiné)

Grandes Ilhas de Sonda (em azul)
Pequenas Ilhas de Sonda (em vermelho)
Mapa da Indonésia com as Molucas em destaque
Mapa com a localização da Nova Guiné

Ilhas principais

Grandes Ilhas de Sonda
- Bornéu — dividida ente a Indonésia (Kalimantan), Brunei e os estados malásios de Sabah e Sarawak;
- Java
- Sumatra
- Celebes
Nova Guiné — dividida entre a Indonésia (províncias de Papua e de Papua Ocidental) e a Papua-Nova Guiné

Na província de Banten

Deli
Manuk
Panaitan
Panjang
Sangiang
Tinjil
Tunda
Umang

Na província de Jacarta

Arquipélago das Mil Ilhas (Kepulauan Seribu; 105 ilhas, das quais somente 11 são habitadas):
- Anjo (Pulau Bidadari)
- Ayer
- Grande Bira (Pulau Bira Besar)
- Grande Lancong (Pulau Lancong Besar)
- Grande Umbrela (Pulau Payung Besar)
- Escoteiros (Pulau Pramuka)
- Cipir
- Coco (Pulau Kelapa)
- Edam
- Grande Tigre (Pulau Macan Besar)
- Esperança (Pulau Harapan)
- Karya
- Kelor
- Kotok
- Java Felizarda (Pulau Untung Jawa)
- Onrust
- Panggang
- Pantara
- Arco-Íris (Pulau Pelangi)
- Sebira
- Sepa
- Stingray (Pulau Pari)
- Tidung

Na província de Java Ocidental

Rakit

Na província de Java Central

Karimun Java
Nusa Kambangan - ilha penitenciária

Na província de Java Oriental

Arquipélago de Bawean (kepulauan Bawean)
Genteng
Iyang
Ilha Kambing
Ilhas Kangean (arquipélago) (kepulauan Kangean)
Madura
Masalembu
Nusa Barung
Puteran
Raas
Raja
Sapudi

Na província de Achém (119 ilhas)

Ilha de Achém
Asu
Babi
Ilhas Banyak (arquipélago) (kepulauan Banyak), 99 ilhas
- Balai
- Bangkaru
- Singkilbaru
- Tuangku
- Ujung Batu
Bawah
Breueh
Hinako
Lasia
Weh
Simeulue

Na província de Sumatra do Norte (419 ilhas)

Arquipélago de Batu (antigas Batoe Eilanden), 51 ilhas
- Sibuasi
- Pini
- Tanahbala
- Tanahmasa
Batumakalele
Bau
Bawa
Ilha Berhala, no estreito de Malaca
Hamutaia
Imanna
Jake
Lego
Makole
Masa
Arquipélago de Nias (kepulauan Nias)
- Simuk
Pasu
Ilha Samosir, no Lago Toba
Sigata
Simaleh
Wunga

Na província de Sumatra Ocidental

Ilhas Mentawai
- Siberut
- Sipura (Pulau Sipora)
- Pagai do Norte
- Pagai do Sul
Pasumpahan

Na província de Lampung

Filho de Krakatoa (Pulau Anak Krakatau)

Na província de Riau

Rupat
Bengkalis
Ilha de Padang
Rangsang
Ilha Tebing Tinggi
Basu

Na província das Ilhas de Riau (cerca de 3 200 ilhas)

Arquipélago de Natuna (Kepulauan Natuna)
- Arquipélago de Natuna do Sul
  - Ilha Midai
  - Ilha de Subi
  - Ilha de Panjang (Natuna)
  - Serasan
- Arquipélago de Anambas
  - Airabu
  - Jemaja
  - Mubur
  - Siantan
  - Matak
  - Tarempah
- Arquipélago de Natuna Besar
  - Natuna Besar
  - Laut (Natuna)
- Arquipélago de Tambelan
  - Ilhas Badas (arquipélago)
  - Tembelan Besar
  - Uwi
  - Mendarik
  - Benua
  - Panjantan
Arquipélago de Riau
- Batam
- Bintan
- Karimun
- Rempang
- Galang
- Bulan
- Combol
- Kundur
- Karimun (Ilhas de Riau)
Ilhas Lingga
- Ilha Lingga, com ilhas próximas:
  - Alut
- Singkep, com ilhas próximas:
  - Posik
  - Serak
  - Lalang
- Sebangka, com ilhas próximas:
  - Senayang
  - Kapas
  - Kentar
  - Mowang
  - Lobam
  - Cempah
- Bakung
- Selayar (Ilhas de Riau )
- Temiang
- Mesawak

Na província das Ilhas de Bangka-Belitung

Ilha Bangka
Belitung
Ilha Liat
Lepar
Mendanau

Na província de Kalimantan Oriental

Na província de Kalimantan do Sul

Na província de Kalimantan Ocidental

Na província de Celebes do Norte

Na província de Celebes Central

Ilhas Togian
- Unauna
- Batudaka
- Togian
- Talatakoh
- Ilha Puah
Ilhas Banggai
- Peleng
- Banggai
- Bangkulu
- Ilhas Bowokan
  - Bowokan
Timpaus
Ilhas Salabangka
Manui

Na província de Celebes do Sul

Ilhas Pabbiring
Marasende
Doangdoangan Besar
Kalukalukuang
Dewalakang-Lompo
Tanakeke
Taka Rewataya
Ilhas Sabalana
Ilhas Tengah
Ilhas Selayar
- Ilha Kambing
- Ilha Selayar
Tambalongang
Kayuadi
Tanahjampea
Kalao
Bonerate
Ilhas Takabonerate
Ilhas Macan

Na província de Celebes de Sudeste

Ilhas Tukangbesi
- Wakatobi
  - Ilha Wangiwangi,
  - Kambode
  - Kampenane
  - Timor
  - Kaledupa
  - Hoga
  - Ilha Linea,
  - Tomea
  - Talondano
  - Lineta
  - Binongko
- Moromaho
- Cowocowo
- Kentiole
- Runduma
- Anano
- Karang Kapota (atol)
- Karang Kaledupa (atol)
- Karang Koromaha (atol)
- Karang Kadupa (atol)
- Ilhas Langkesi
Wowoni
Buton
Muna
Siumpu
Batuata
Kabaena
Kakabia
Karompa Lompo
Kalaotoa
Bahulu
Labengke
Padea Besar

Na província de Bali

Na província da Sonda Ocidental

Na província da Sonda Oriental

Arquipélago de Alor (kepulauan Alor)
- Alor
- Buaya
- Kepa
- Pantar
- Ilha Pura
- Tereweng
- Ilha Kangge
- Ilha Kura
- Ilha Sika
- Ilha Kapas
- Ilha Batang
- Ilha Lapang
- Ilha Rusa
Flores
Komodo
Palu'e
Rinca
Ilha Rote
Savu
- Rai Hawu (Savu, Sawu, Sabu, Sawoe, Havu, Hawu, awoe)
- Rai Jua (Rai Djua, Raijua)
- Rai Dana (Dana)
Arquipélago de Solor
- Adonara
- Lembata (Lomblen)
- Solor
Sumba
Timor—dividida entre o Timor Ocidental, pertencente à Indonésia, e Timor-Leste
Semau

Na província das Molucas

Buru, com ilhas adjacentes
- Ambelau
Seram, com ilhas adjacentes
- Amboina
- Buano
- Haruku
- Kelang
- Manipa
- Saparua
Arquipélago de Gorong (Kepulauan Gorong)
- Gorong
- Manawoka
- Panjang
Arquipélago de Watubela (Kepulauan Watubela)
- Kasiui
- Tioor
Arquipélago de Banda (Kepulauan Banda)
- Ay
- Banana (Pulau Pisang)
- Banda Naira
- Batukapal
- Grande Banda (Pulau Banda Besar/Lonthoir)
- Caranguejo (Pulau Karaka)
- Hatta (antiga Rozengain)
- Manuk
- Manukang
- Nailaka
- Run
- Saaru
Ilhas Tayandu (ou Tayahad), 17 ilhas
- Kaimeer
- Ilha Kur
- Manggur
- Taam
- Tayandu
- Walir
Arquipélago de Kai (Kepulauan Kai)
- Grande Kai (Pulau Kai Besar)
- Pequena Kai (Pulau Kai Kecil)
- Kaitanimbar
Arquipélago de Aru (Kepulauan Aru), 85 ilhas
- Baun
- Enu
- Kobroor
- Ilha Kola
- Maikoor
- Penambulai
- Trangan
- Wamar
- Warilau
- Wokam
- Workai
- Ilhas Jin (Kepulauan Jin)
Arquipélago de Tanimbar (Kepulauan Tanimbar), 66 ilhas, das quais apenas 7 habitadas
- Fordata
- Larat
- Maru
- Molu
- Nuswotar
- Selaru
- Selu
- Seira
- Wotap
- Wuliaru
- Yamdena
Arquipélago de Babar (Kepulauan Babar), 6 ilhas
- Babar
- Dai
- Daweloor
- Dawera
- Masela
- Wetan
Arquipélago de Barat Daya (Kepulauan Barat Daya)
- Damar
- Maopora
- Romang
- Wetar
Arquipélago de Sermata (Kepulauan Sermata)
- Sermata
- Coco (Pulau Kelapa)
- Luang
Arquipélago de Leti (Kepulauan Leti)
- Kisar
- Lakor
- Leti
- Moa

Pequenas ilhas vulcânicas no Mar de Banda

Nila
Serua
Teun

Na província das Molucas do Norte

Halmaera, com ilhas adjacentes:
- Damar (Molucas do Norte)
- Hasil
- Machian (Pulau Makian)
- Mare
- Morotai
- Moti
- Sayafi
- Ternate
- Tidore
Bacan, com ilhas adjacentes:
- Kasiruta
- Kayoa
- Latalata
- Mandioli
- Taneti
Morotai, com ilhas adjacentes:
Rau
Gebe Umera, com ilhas adjacentes:
- Yu
Arquipélago de Loloda do Norte (Kepulauan Loloda Utara)
- Dagasuli
- Doi
Arquipélago de Widi (Kepulauan Widi)
Ilhas Obi, com ilhas adjacentes:
- Bisa
- Gomumu
- Obilatu
- Tapat
- Tobalai
Arquipélago de Sula (Kepulauan Sula)
- Lifamatola
- Mangole
- Seho
- Sulabesi
- Taliabu

Pequenas ilhas vulcânicas nas Molucas do Norte

Mayu
Pisang (Molucas do Norte)
Tifore
Lawin
Ilhas Boo

Na província de Papua Ocidental (610 ilhas, das quais 35 habitadas)

Arquipélago da Ásia (kepulauan Asia)
- Fani
- Igin
- Miarin
Arquipélago de Ayu (kepulauan Ayu)
Ilhas Mapia ao norte da Baía de Cenderawasih
- Ilha Bras
- Ilha Pegun
Bantang (Batangpele), com ilhas adjacentes:
- Minyahun
- Penemu
- Yar
Ilhas Kabu (kepulauan Kabu)
Ilhas Kalis (kepulauan Kalis)
Mansuar, com ilhas adjacentes:
- Kri
Ilhas Raja Ampat (kepulauan Raja Ampat ou Arquipélago dos Quatro Reis): mais de 1 500 ilhas
- Batanta
- Gag
- Ilhas Fam (kepulauan Fam)
- Misool com ilhas adjacentes:
  - Babi
  - Daram
  - Ketimkerio
  - Polee
  - Wagmab
  - Walib
  - Warakaraket/Warakaget
- Ilhas Nusela (kepulauan Nusela)
- Ilhas Rombombo (kepulauan Rombombo) - próximas a Sorong
  - Doom
  - Kabra
  - Tsiof
- Selawati
- Waigeo
  - Gam
  - Kawe
  - Me
  - Uranie
  - Wayag
  - Yeben
  - Kofiau
Ilhas Sariga (kepulauan Sariga)
- Selawati, com ilhas adjacentes:
- Batanta
  - Igiem
  - Jefman/Yefman
  - Warir
- Sayang
- Ilhas Su (kepulauan Su)
Wai (no estreito de Dampier)
Ilhas Segaf, ao sul de Misool.
Ilhas Valse Pisang, a leste de Misool.

Outras ilhas na província de Sonda Ocidental

na Baía de Cenderawasih:

na Baía de Sebakor:

Karas
Semai

na Baía de Kamrau:

Ilha Adi (na regência de Kaimana)
Aduma

outras:

Sabuda (próxima ao Cabo Fatagar Tuting)

Na província de Papua

Ilhas Biak (kepulauan Biak ou Arquipélago de Schouten):
- Biak
- Ilhas Padaido (kepulauan Padaido)
- Numfor
- Yapen
- Mios Num
- Kaipuri
- Supiori
Ilhas Kumamba (Kepulauan Kumamba)
Ilhas Podena (Kep Podena)
Ilhas Moor (kepulauan Moor) na Baía de Cenderawasih
Komoran
Yos Sudarso (Dolak, Kimaam, e a antiga Ilha de Frederik-Hendrik)

Ver também

Geografia da Indonésia

Lista de ilhas da Indonésia