Em 1810 juntou-se ao movimento de rebelião contra a Espanha iniciado por Hidalgo, seu antigo mestre. Depois da captura e execução de Hidalgo assumiu a liderança da revolução.[2][3]
Combateu habilmente o exército espanhol,[2] juntamente com Mariano Matamoros, capturando as cidades de Oaxaca (1812) e Acapulco, o principal porto de mar do México na costa do Pacífico, no ano seguinte.
Iniciou uma série de reformas sociais, que lhe valeram o apoio maciço dos camponeses, que tentavam acabar com as estruturas agrárias do anterior regime. Ao mesmo tempo, promoveu a intolerância para com as religiões não católicas.[2]
Depois de várias derrotas frente aos realistas (Valladolid em 1813 e Puruarán em 1814) acabaria por ser capturado pelas forças espanholas e fuzilado como traidor, na localidade de San Cristóbal Ecatepec, a 22 de Dezembro de 1815.[2]Vicente Guerrero continuaria a luta após a sua morte.
José María Morelos é um herói nacional do México. Para além de Morelia, também o estado de Morelos tem o seu nome.
A sua efígie foi usada na cédula de 500 pesos mexicanos emitida de 1947 até 1978 pela American Bank Note Company, durante os anos 1970 na cédula de 20 pesos mexicanos e mais recentemente, nas cédulas de 50 pesos dos tipos C, D, E e F das cédulas de Peso. Está prevista a colocação de sua efigie ao lado da de Miguel Hidalgo na nova cédula de 200 pesos do tipo G.
