Sua mãe morreu logo após seu nascimento e ele foi deixado sob a responsabilidade de seu avô, o imperador Leopoldo, como seu pai estava em Bruxelas, onde ele serviu como governador dos Países Baixos Espanhóis a partir de março de 1692. Em 2 de maio de 1693 José Fernando, acompanhado pela antiga família de sua mãe, deixou Viena e partiu para Munique, onde chegou no dia 2 de junho de 1693.
Retrato do príncipe José Fernando da Baviera, 1695.
A partir destes fatos começou uma guerra entre as duas Marianas, a Rainha Mãe e a Consorte. O período entre 1693 e 1696 (o ano da morte da Rainha Mãe) foram anos de constante tensão política e intriga política. A camarilha alemã formada em torno da rainha consorte ganhou o ódio da nobreza. De acordo com rumores circulados pela corte, havia um complô que pretendia trancar a rainha consorte e trazer o príncipe José Fernando para Madrid, para ser colocado no trono sob a regência da rainha mãe e de seus principais apoiantes.[1][2][3]
Maria Ana de Áustria morreu em 16 de maio de 1696. Seu triunfo foi uma assinatura postumamente assinada em que seu filho, Carlos II de Espanha, decretou em setembro de 1696 seu sobrinho José Fernando da Baviera, o herdeiro da monarquia espanhola. No Conselho de Estado de 13 de junho de 1696, uma posição intermediária entre os franceses e os candidatos imperiais para a sucessão, em que José Fernando foi apresentado como o candidato mais adequado para a sucessão. No final, Carlos escreveu um testamento em que declarou o Príncipe Eleitoral como seu sucessor.[1][2][3]
Em setembro desse ano Carlos II teve uma recaída severa assim que o conselho de estado resolveu forçar o rei assinar a vontade em junho. O rei teve uma recaída em 9 de outubro. Naquela reunião, o partido bávaro fez avançar a vontade e o Cardeal Portocarrero obrigou o rei Carlos II a assinar o testamento em favor do príncipe eleitoral da Baviera: só o almirante de Castela, o condestável e três membros apoiaram o arquiduque Carlos.[1][2][3]
Durante a minoria de José Fernando, a regência instituída pela vontade nomeou um conselho de administração que apoiou Maria Ana da Áustria durante a minoria de Carlos II, encabeçada pelo Cardeal Portocarrero, o regente-governador que teria poderes muito amplos.[1][2][3]
A teimosa defesa da nomeação pelo pró-Bávaro Cardeal Portocarrero, tornou-se uma política chave dos últimos anos do reinado de Carlos II. O Cardeal impediu Carlos II de sucumbir à influência de sua esposa e, possivelmente, convocar um Parlamento para modificar o testamento.[1][2][3]
No início de 1698, Portocarrero apresentou ao rei um novo relatório do Conselho de Estado em favor da sucessão bávara. O monarca queria consultar o Papa Inocêncio XII, que também era supostamente pró-bávaro. Foi em tais circunstâncias que o Rei reafirmou seu Testamento:[1][2][3]
Declaro meu sucessor legítimo em todos os meus reinos, estados e domínios, o príncipe eleitoral José Fernando da Baviera, único filho da arquiduquesa Maria Antônia, única filha sobrevivente da imperatriz Margarida Teresa, minha irmã, Que se casou com o Imperador, meu tio, primeiro da linha de sucessão de todos os meus reinos, por vontade do rei, senhor e pai, conforme alegado pelas leis desses reinos, como se disse; A exclusão de Maria Teresa, Rainha da França, minha meia-irmã, pelo que o referido Príncipe Eleitoral José Fernando como único herdeiro deste direito, um homem mais próximo de mim na linha mais imediata e direta, é o meu sucessor legítimo em todos eles.
José Fernando morreu em 6 de fevereiro de 1699 aos seis anos de idade, deixando a sucessão espanhola incerto novamente. Sua morte foi repentina, José Fernando sendo agarrado com convulsões, vômitos e prolongada perda de consciência. Ele foi rumorado para ter sido envenenado, mas nada foi provado. Está enterrado em Bruxelas. Com ele terminou a linha do casamento de Felipe IV de Espanha e sua segunda esposa e sobrinha Maria Ana de Áustria.[1][2][3]
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