Durante sua permanência com o Dixie Dregs, Jordan formou um "power duo" com o baterista Rod Morgenstein. A gênese deste dueto ocorreu durante uma queda de energia elétrica durante um show, onde todos os instrumentos deixaram de funcionar, exceto o teclado de Jordan. Ele e Rod começaram a improvisar até que a energia elétrica voltasse, e o resultado foi tão satisfatório que eles resolveram tocar juntos regularmente, sob o nome de "RMP" (Rudess Morgenstein Project), e chegaram a gravar um álbum de estúdio e outro ao vivo.
Desde 1999 pertence ao Dream Theater. Jordan tem também lançado diversos DVDs de instrução e aprendizagem de teclado e tal como outros membros dos Dream Theater tem participado em projetos paralelos, tal como Neal Morse, com o bateristaMike Portnoy. Aos seus nove anos de idade, Jordan entrou na prestigiosa Juiliard School of Music para treinamento de piano clássico, e aos 19 saiu da mesma formado como pianista. Atualmente,[quando?] Jordan Rudess utiliza equipamentos como um teclado Workstation KORG Kronos X, um HAKEN Continuum Fingerboard, um KEYTAR Zen Riffer, um KORG Radias, um ALLEN&HEATH Mix Wizard 16 Channels e uma Lap Steel Guitar.
Até hoje, Jordan é colaborador da Kurzweil Music Systems, patrocinado da KORG (todos os teclados) e também da Roland Corporation, mas apenas alguns instrumentos.
Quando o baterista Bleu Ocean estava reunindo um time de 34 outros bateristas para tocar na canção "Bring the Boys Back Home", do álbum do Pink FloydThe Wall, ele convidou Jordan para a gravação, uma vez que o tecladista andava tocando bateria. Contudo, a performance de Jordan foi rejeitada pelo produtor Bob Ezrin. Àquela época, Jordan já havia escolhido os teclados como seu instrumento principal.[4]
Roland Fantom-G8 Liquid Tension Experiment e ocasionalmente em estúdio com o Dream Theater
Freehand Systems Music Pad Pro chamado pelos fãs de "pad de rascunho", pois ele o usa para anotar ideias musicais. As partituras que ele ao vivo ficam neste aparelho.
3x Roland V-Synth XT
Suporte para teclado personalizado, por Patrick Slaats
Lap Steel guitar personalizada modelo Fouke Industrial RAIL model[6]
Haken Continuum Fingerboard, que controla o Roland V-Synth XT
Keytar Zen Riffer ZR2, que controla o Roland V-Synth XT como seu continuum.