Filho de Francisco Antônio da Fonseca e de Joana Joaquina Vieira da Silva, casou com Francisca Joaquina Pereira Pinto e foi pai do também militar Francisco Félix da Fonseca Pereira Pinto.
Em 1797, realizava seu trabalho na região missioneira, quando as relações entre os reinos de Portugal e Espanha se tornaram tensas, o que prenunciava mais uma guerra, mas que somente seria declarada em 1801. A fim de evitar maiores conflitos, a retirada foi ordenada Félix da Fonseca, que deixou o povoado de São João Baptista, desceu a serra de São Martinho e foi acampar junto à Guarda Portuguesa do Passo dos Ferreiros. Então, por volta da segunda metade do ano de 1797, foram montadas as instalações de acampamento a pouco mais de 5 km a leste da referida Guarda, no já então denominado Rincão de Santa Maria, em terras da estância do Padre Ambrósio José de Freitas, cuja sede ficava a poucos quilômetros ao sudeste. Este acampamento deu origem a cidade de Santa Maria da Boca do Monte (atual município de Santa Maria).[3]
Em 1802, encarregado da administração dos povos missioneiros, encaminhou uma carta ao governador interino, João Francisco Roscio, em que informava a respeito do medo e do receio sentido pelos indígenas missioneiros em serem restituídos aos espanhóis após o tratado de paz, uma vez que temiam sofrer represálias sob a acusação de rebeldia.[5] Ainda no mesmo ano, adotando uma postura surpreendente, Félix da Fonseca denunciou por meio de uma carta destinada ao mesmo destinatário os excessos e abusos cometidos pelos portugueses durante a invasão à região das Missões, o que envolveu desde saques, furtos e invasão de estâncias sob a prerrogativa de serem terras devolutas, bem como abusos de guerra praticados contra os próprios indígenas Guaranis.[6]
Devido ao seu enorme poder de influência, Félix da Fonseca colaborou para a ascensão social de outros militares, sobretudo a partir da indicação para cargos que outrora ocupava: assim o fez por volta de 1808, quando indicou José de Abreu para o cargo de comandante das terras ao sul do Rio Ibicuí; e, em 1811, quando deixou a região das Missões sob controle de Francisco das Chagas Santos, ocasião em que fora nomeado comandante das tropas de Porto Alegre.[7][8]
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