Voltou a assumir uma Seleção quatro anos depois, quando substituiu Alberto Zaccheroni como treinador do Japão em agosto de 2014.[2] Com ela chegou a disputar a Copa da Ásia de 2015. Ao final da competição, porém, foi demitido devido a acusações que pesavam contra si feitas pelo poder judiciário espanhol por envolvimento em combinação do resultado da partida entre Zaragoza (treinado por Aguirre) e Levante em 2011.[3]
