Sua principal obra, De Medicina Indorum (Iacobis Bontii In Indijs Archiatri, De Medicina Indorv[m] Lib. IV. Lugduni Batavorum, 1642, Franciscus Hackius), foi publicada postumamente, em 1642, por seu irmão Willem Bontius, anos após a sua morte em Batávia, quando tinha apenas 39 anos. A obra inclui as primeiras descrições modernas da cólera, da shigella, da frambesia e da polineuropatia do beribéri.
De Medicina Indorum libri IV (Leiden, 1642) publicação póstuma por Guilherme Piso, mais tarde (Paris, 1645) junto com trabalhos de Prospero Alpini
Historiae naturalis et medicae Indiae orientalis libri VI (Amsterdã, 1658) publicação póstuma por Guilherme Piso em 6 volumes na obra De Indiae Utriusque Re Naturali et Medica
