As origens do instituto remontam ao ano de 1969 quando a Unicamp criou o curso de bacharelado em Ciência da Computação, o primeiro do país. Neste ano foi criado o Departamento de Ciência da Computação (DCC) dentro do Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica (IMECC). Em março de 1996 deixou de fazer parte do IMECC para ser a vigésima unidade da universidade.
Departamentos
O IC, em sua estrutura interna, possui três departamentos:
DSC - Departamento de Sistemas de Computação
DSI - Departamento de Sistemas de Informação
DTC - Departamento de Teoria da Computação
Laboratórios
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No IC, vinculados ao departamentos supracitados, estão presentes diversos laboratórios de pesquisa:
LASCA - Laboratório de Segurança e Criptografia (site)