Nesta Igreja podemos visitar o Panteão dos Henriques e apreciar um conjunto de quatro leões de madeira da Índia oferecidos por Vasco da Gama ao Senhor de Alcáçovas.
Tem quatro capelas laterais, um baptistério e uma grandiosa capela-mor, no tecto da qual podemos observar um conjunto de brasões dos benfeitores da construção do edifício. De salientar as armas reais de D. Manuel I e as armas da Santa Sé.
No corredor central da Igreja podem-se admirar os túmulos dos vários Senhores de Alcáçovas.