A bacia do glaciar cobre um vulcão (1 666 m de altitude) cuja atividade eruptiva começou a ser mais frequente a partir da última idade do gelo. A penúltima erupção ocorreu em 1821-23, provocando um jökulhlaup (literalmente, "corrida glaciar") fatal. A cratera do vulcão tem um diâmetro de 3 a 4 km. O glaciar estende-se por cerca de 107 km².
O limite sul da montanha fez, no passado, parte da costa atlântica. Com a regressão marítima, formaram-se penhascos inclinados que originam hoje em dia um conjunto impressionante de quedas de água, sendo a mais conhecida a de Skógafoss.
Nome
O nome Eyjafjallajökull é uma justaposição dos substantivos islandeseseyja, fjalla e jökull, respectivamente "ilha", "vulcão" (ambos no genitivoplural) e "geleira". O termo pode ser traduzido, literalmente, como "glaciar do vulcão da ilha".
O vulcão entrou em erupção novamente em 21 de março de 2010; o tráfego aéreo de boa parte do norte da Europa foi prejudicado pela enorme coluna de fumaça expelida. Em 15 de abril o espaço aéreo foi fechado em diversos países do norte e oeste da Europa para voos comerciais[2] devido à precipitação de cinzas na atmosfera, que poderiam causar entupimento dos tubos de Pitot e falhas operacionais dos motores a jato dos aviões.[3]